CHARACTERISTIC MUTATIONS IN SARS-COV-2 GENOME VARIANTS DETECTED ON THE TERRITORY OF PRIMORSKY KRAI IN 2023-2024

The specialists of G.Р. Somov Research Institute of Epidemiology and Microbiology sequenced 478 SARS-CoV-2 samples, collected in Primorsky Krai after May 05, 2023. As a result, the samples were identified as belonging to 93 different Pango lines, the most common being the JN.1.7 (98 samples, 20,5%), JN.1 (45 samples, 9,4%) и XBB.2.3.11 (30 samples, 6,3%) lines. A regional feature was turned to be a significant share of the JN.1.7 line (up to 58,0% in March 2024), mainly characteristic of the United States (47% of the number of registered cases of this line in the world) and almost unknown in China, South Korea and Japan.

1. Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II. Динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022; 99(4): 381-396. DOI: 10.36233/0372-9311-295.

2. Беседнова Н.Н., Звягинцева Т.Н., Андрюков Б.Г. и др. Сульфатированные полисахариды морских водорослей как потенциальные средства профилактики и терапии гриппа и COVID19 // Антибиотики и химиотерапия. 2021; 66(7-8): 50-66. DOI: 10.37489/0235-2990-2021-66-7-8-50-66.

3. Грибова В.В., Окунь Д.Б., Шалфеева Е.А. и др. Облачный сервис для дифференциальной клинической диагностики острых респираторных вирусных заболеваний (в том числе – связанных с особо опасными коронавирусами) методами искусственного интеллекта // Якутский медицинский журнал. 2020; (2): 44-47. DOI: 10.25789/YMJ.2020.70.13.

4. Запорожец Т.С., Беседнова Н.Н., Калинин А.В. и др. 80 лет на страже биологической безопасности у восточных рубежей России // Здоровье населения и среда обитания. 2021; (5): 5-15. DOI: 10.35627/2219-5238/2021-338-5-5-15.

5. Колобухина Л.В., Малышев Н.А., Меркулова Л.Н. и др. Изучение эффективности и безопасности нового противовирусного препарата Ингавирин® при лечении больных гриппом // Русский медицинский журнал. 2008; 16(22): 1502-1506.

6. Колобухина Л.В., Меркулова Л.Н., Малышев Н.А. и др. Стратегия ранней противовирусной терапии при гриппе как профилактика тяжелых осложнений // Пульмонология. Приложение. 2010; (1): 9-14.

7. Котов И.А., Аглетдинов М.Р., Роев Г.В., и др. Геномный надзор за SARS-CoV-2 в Российской Федерации: возможности платформы VGARus // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024; 101(4): 435-447. DOI: 10.36233/0372-9311-554.

8. Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Прилипов А.Г. и др. Расшифровка эпизоотической вспышки среди диких и домашних птиц на юге европейской части России в декабре 2007 г. // Вопросы вирусологии. 2008; 53(4): 18-23.

9. Онищенко Г.Г., Кривуля С.Д., Чистякова Г.Г., и др. Мероприятия по борьбе с лихорадкой Западного Нила на территории Российской Федерации. Методические указания МУ 3.1.3.2600-10. М., 2010; 45 с.

10. Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В. и др. Генотипический портрет SARS-CoV-2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024; 101(1): 19-35. DOI: 10.36233/0372-9311-497.

11. Щеглов Б.О., Семейкина Л.М., Щелканов Е.М. и др. Программа для прогнозирования эпидемической динамики COVID-19 // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ RU 2022611150, 20.01.2022.

12. Щелканов Е.М. Электризационная гипотеза отсутствия вшей (Anoplura Leach, 1815) у рукокрылых (Chiroptera Blumenbach, 1779) // Юг России: экология, развитие. 2021; 16(2): 6-16. DOI: 10.18470/1992‐1098‐2021‐2‐6‐16.

13. Щелканов М.Ю., Власов Н.А., Киреев Д.Е. и др. Клинические признаки заболевания у птиц, вызванного высокопатогенными вариантами вируса гриппа А/H5N1, в эпицентре эпизоотии на юге Западной Сибири (июль 2005 г.) // Журнал инфекционной патологии. 2005; 12(3-4): 121-124.

14. Щелканов М.Ю. Эволюция высоковирулентного вируса гриппа А (H5N1) в экосистемах Северной Евразии (2005–2009 гг.) // Дис. … д.б.н. М.: НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского РАМН, 2010; 488 с.

15. Щелканов М.Ю., Львов Д.К. Новый субтип вируса гриппа А от летучих мышей и новые задачи эколого-вирусологического мониторинга // Вопросы вирусологии. 2012; (Приложение 1): 159- 168.

16. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности // Лечащий врач. 2013; 10: 49-54.

17. Щелканов М.Ю., Львов Д.К. Экология: история становления основных концепций // В сб.: Новые и возвращающиеся инфекции в системе биобезопасности Российской Федерации. М.: Издво Первого МГМУ им. И.М. Сеченова, 2014; 6-20.

18. Щелканов М.Ю., Аристова В.А., Чумаков В.М., Львов Д.К. Историография термина «природный очаг» // В сб.: Новые и возвращающиеся инфекции в системе биобезопасности Российской Федерации. М.: Изд-во Первого МГМУ им. И.М. Сеченова, 2014; 21-32.

19. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015; (2): 94-98.

20. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май-июль 2015 г.): причины, динамика, выводы // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015; (3): 89-93.

21. Щелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г. и др. История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae) // Инфекция и иммунитет. 2020; 10(2): 221- 246. DOI: 10.15789/2220-7619-HOI-1412.

22. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Бургасова О.А. и др. COVID-19: этиология, клиника, лечение // Инфекция и иммунитет. 2020; 10(3): 421-445. DOI: 10.15789/2220-7619-CEC-1473.

23. Щелканов М.Ю., Дунаева М.Н., Москвина Т.В. и др. Каталог вирусов рукокрылых (2020) // Юг России: экология, развитие. 2020; 15(3): 6-30. DOI: 10.18470/1992‐1098‐2020‐3‐6‐30.

24. Щелканов М.Ю., Леонова Г.Н., Галкина И.В., Андрюков Б.Г. У истоков концепции природной очаговости // Здоровье населения и среда обитания. 2021; (5): 16-25. DOI: 10.35627/2219-5238/2021-338-5-16-25.

25. Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Любченко Е.Н. и др. Рукокрылые: общая характеристика отряда. Владивосток: Изд-во ДВФУ, 2021; 130 с. DOI: 10.24866/7444-5119-6.

26. Щелканов М.Ю., Татонова Ю.В., Табакаева Т.В. и др. Эндопаразиты рукокрылых: нематоды. Владивосток: Изд-во ДФВУ, 2023; 112 с. DOI: 10.61726/5457.2024.48.27.001.

27. Щелканов М.Ю. Этиология COVID-19 // В кн.: COVID-19: от этиологии до вакцинопрофилактики. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2023; 11-53.

28. Aksamentov I., Roemer C., Hodcroft E.B., Neher R.A. Nextclade: clade assignment, mutation calling and quality control for viral genomes // J. Open Source Softw. 2021; 6(67): 3773. DOI: 10.1016/j.gene.2022.146774.

29. Besednova N.N., Andryukov B.G., Zaporozhets T.S., et al. Molecular targets of brown algae phlorotannins for the therapy of inflammatory processes of various origins // Marine Drugs. 2022; 20(4): 243. DOI: 10.3390/md20040243.

30. Capriotti E., Fariselli P., Casadio R. I-Mutant 2.0: predicting stability changes upon mutation from the protein sequence or structure // Nuc. Acids Res. 2005; 33: W306-10.

31. Gangavarapu K., Latif A.A., Mullen J.L., et al. Outbreak.info genomic reports: scalable and dynamic surveillance of SARS-CoV-2 variants and mutations // Nat. Methods. 2023; 20(4): 512-522. DOI: 10.1038/s41592-023-01769-3.

32. Khotimchenko Yu.S., Shchelkanov M.Yu. Viruses of the Ocean: On the shores of the aqua incognita. Horizons of taxonomic diversity // Rus. J. Marine Biol. 2024; 50: 1-24. DOI: 10.1134/S106307402401005X.

33. Rose R., Golosova O., Sukhomlinov D., et al. Flexible design of multiple metagenomics classification pipelines with UGENE // Bioinformatics. 2019; 35(11): 1963-1965. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty901.