infectpataogДальневосточный журнал инфекционной патологииFar Eastern Journal of Infectious Pathology2073-2899ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора10.62963/2073-2899-2025-51-35-38infectpataog-561Research ArticleДРУГИЕ ВИРУСНЫЕ И БАКТЕРИАЛЬНЫЕ ИНФЕКЦИИOTHER VIRAL AND BACTERIAL INFECTIONSХАРАКТЕРНЫЕ МУТАЦИИ В ГЕНОМЕ ВАРИАНТОВ SARS-COV-2, ОБНАРУЖЕННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ ПРИМОРСКОГО КРАЯ В 2023-2024 ГГ.CHARACTERISTIC MUTATIONS IN SARS-COV-2 GENOME VARIANTS DETECTED ON THE TERRITORY OF PRIMORSKY KRAI IN 2023-2024БеликА. А.BelikA. A.

Белик Алексей Анатольевич – к.б.н., н.с. лаборатории респираторных инфекций,

Владивосток

Vladivostok

belik_a_a@mail.ruСемейкинаЛ. М.SemeikinaL. M.

Владивосток

Vladivostok

ПерсияноваЕ. В.PersiyanovaE. V.

Владивосток

Vladivostok

ТрофимоваМ. Ф.TrofimovaM. F.

Владивосток

Vladivostok

МилованкинП. Г.MilovankinP. G.

Владивосток

Vladivostok

БеловЮ. А.BelovYu. A.

Владивосток

Vladivostok

КрыловаН. В.KrylovaN. V.

Владивосток

Vladivostok

ЩелкановМ. Ю.ShchelkanovM. Yu.

Владивосток

Vladivostok

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова РоспотребнадзораРоссияG.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology of RospotrebnadzorRussian FederationЦентра гигиены и эпидемиологии в Приморском краеРоссияG.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology of Rospotrebnadzor; Center for Hygiene and Epidemiology in Primorsky kraiRussian FederationНИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова Роспотребнадзора; Институт медицины и наук о жизни, Дальневосточный федеральный университетРоссияG.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology of Rospotrebnadzor; Far Eastern Federal UniversityRussian Federation2025230420260513538Copyright © Белик А.А., Семейкина Л.М., Персиянова Е.В., Трофимова М.Ф., Милованкин П.Г., Белов Ю.А., Крылова Н.В., Щелканов М.Ю., 20262026Белик А.А., Семейкина Л.М., Персиянова Е.В., Трофимова М.Ф., Милованкин П.Г., Белов Ю.А., Крылова Н.В., Щелканов М.Ю.Belik A.A., Semeikina L.M., Persiyanova E.V., Trofimova M.F., Milovankin P.G., Belov Y.A., Krylova N.V., Shchelkanov M.Y.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://infectpataog.elpub.ru/jour/article/view/561

В Приморском крае силами НИИЭМ им. Г.П. Сомова Роспотребнадзора были секвенированы 478 образцов SARS-CoV-2, отобранных после 05 мая 2023 г. В результате образцы были идентифицированы как принадлежащие к 93 различным линиям Pango, наиболее часто встречающимися оказались линии JN.1.7 (98 образцов, 20,5%), JN.1 (45 образцов, 9,4%) и XBB.2.3.11 (30 образцов, 6,3%). Региональной особенностью Приморского края стала значительная доля линии JN.1.7 (до 58,0% в марте 2024 г.), в основном характерная для США (47% от числа всех зарегистрированных случаев этой линии в мире) и почти неизвестная в КНР, Южной Корее и Японии.

The specialists of G.Р. Somov Research Institute of Epidemiology and Microbiology sequenced 478 SARS-CoV-2 samples, collected in Primorsky Krai after May 05, 2023. As a result, the samples were identified as belonging to 93 different Pango lines, the most common being the JN.1.7 (98 samples, 20,5%), JN.1 (45 samples, 9,4%) и XBB.2.3.11 (30 samples, 6,3%) lines. A regional feature was turned to be a significant share of the JN.1.7 line (up to 58,0% in March 2024), mainly characteristic of the United States (47% of the number of registered cases of this line in the world) and almost unknown in China, South Korea and Japan.

SARS-CoV-2COVID-19JN.1JN.1.7JN.1.16.1SARS-CoV-2COVID-19JN.1JN.1.7JN.1.16.1ReferencesАкимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II. Динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022; 99(4): 381-396. DOI: 10.36233/0372-9311-295.Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II. Динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022; 99(4): 381-396. DOI: 10.36233/0372-9311-295.Беседнова Н.Н., Звягинцева Т.Н., Андрюков Б.Г. и др. Сульфатированные полисахариды морских водорослей как потенциальные средства профилактики и терапии гриппа и COVID19 // Антибиотики и химиотерапия. 2021; 66(7-8): 50-66. DOI: 10.37489/0235-2990-2021-66-7-8-50-66.Беседнова Н.Н., Звягинцева Т.Н., Андрюков Б.Г. и др. Сульфатированные полисахариды морских водорослей как потенциальные средства профилактики и терапии гриппа и COVID19 // Антибиотики и химиотерапия. 2021; 66(7-8): 50-66. DOI: 10.37489/0235-2990-2021-66-7-8-50-66.Грибова В.В., Окунь Д.Б., Шалфеева Е.А. и др. Облачный сервис для дифференциальной клинической диагностики острых респираторных вирусных заболеваний (в том числе – связанных с особо опасными коронавирусами) методами искусственного интеллекта // Якутский медицинский журнал. 2020; (2): 44-47. DOI: 10.25789/YMJ.2020.70.13.Грибова В.В., Окунь Д.Б., Шалфеева Е.А. и др. Облачный сервис для дифференциальной клинической диагностики острых респираторных вирусных заболеваний (в том числе – связанных с особо опасными коронавирусами) методами искусственного интеллекта // Якутский медицинский журнал. 2020; (2): 44-47. DOI: 10.25789/YMJ.2020.70.13.Запорожец Т.С., Беседнова Н.Н., Калинин А.В. и др. 80 лет на страже биологической безопасности у восточных рубежей России // Здоровье населения и среда обитания. 2021; (5): 5-15. DOI: 10.35627/2219-5238/2021-338-5-5-15.Запорожец Т.С., Беседнова Н.Н., Калинин А.В. и др. 80 лет на страже биологической безопасности у восточных рубежей России // Здоровье населения и среда обитания. 2021; (5): 5-15. DOI: 10.35627/2219-5238/2021-338-5-5-15.Колобухина Л.В., Малышев Н.А., Меркулова Л.Н. и др. Изучение эффективности и безопасности нового противовирусного препарата Ингавирин® при лечении больных гриппом // Русский медицинский журнал. 2008; 16(22): 1502-1506.Колобухина Л.В., Малышев Н.А., Меркулова Л.Н. и др. Изучение эффективности и безопасности нового противовирусного препарата Ингавирин® при лечении больных гриппом // Русский медицинский журнал. 2008; 16(22): 1502-1506.Колобухина Л.В., Меркулова Л.Н., Малышев Н.А. и др. Стратегия ранней противовирусной терапии при гриппе как профилактика тяжелых осложнений // Пульмонология. Приложение. 2010; (1): 9-14.Колобухина Л.В., Меркулова Л.Н., Малышев Н.А. и др. Стратегия ранней противовирусной терапии при гриппе как профилактика тяжелых осложнений // Пульмонология. Приложение. 2010; (1): 9-14.Котов И.А., Аглетдинов М.Р., Роев Г.В., и др. Геномный надзор за SARS-CoV-2 в Российской Федерации: возможности платформы VGARus // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024; 101(4): 435-447. DOI: 10.36233/0372-9311-554.Котов И.А., Аглетдинов М.Р., Роев Г.В., и др. Геномный надзор за SARS-CoV-2 в Российской Федерации: возможности платформы VGARus // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024; 101(4): 435-447. DOI: 10.36233/0372-9311-554.Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Прилипов А.Г. и др. Расшифровка эпизоотической вспышки среди диких и домашних птиц на юге европейской части России в декабре 2007 г. // Вопросы вирусологии. 2008; 53(4): 18-23.Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Прилипов А.Г. и др. Расшифровка эпизоотической вспышки среди диких и домашних птиц на юге европейской части России в декабре 2007 г. // Вопросы вирусологии. 2008; 53(4): 18-23.Онищенко Г.Г., Кривуля С.Д., Чистякова Г.Г., и др. Мероприятия по борьбе с лихорадкой Западного Нила на территории Российской Федерации. Методические указания МУ 3.1.3.2600-10. М., 2010; 45 с.Онищенко Г.Г., Кривуля С.Д., Чистякова Г.Г., и др. Мероприятия по борьбе с лихорадкой Западного Нила на территории Российской Федерации. Методические указания МУ 3.1.3.2600-10. М., 2010; 45 с.Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В. и др. Генотипический портрет SARS-CoV-2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024; 101(1): 19-35. DOI: 10.36233/0372-9311-497.Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В. и др. Генотипический портрет SARS-CoV-2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024; 101(1): 19-35. DOI: 10.36233/0372-9311-497.Щеглов Б.О., Семейкина Л.М., Щелканов Е.М. и др. Программа для прогнозирования эпидемической динамики COVID-19 // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ RU 2022611150, 20.01.2022.Щеглов Б.О., Семейкина Л.М., Щелканов Е.М. и др. Программа для прогнозирования эпидемической динамики COVID-19 // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ RU 2022611150, 20.01.2022.Щелканов Е.М. Электризационная гипотеза отсутствия вшей (Anoplura Leach, 1815) у рукокрылых (Chiroptera Blumenbach, 1779) // Юг России: экология, развитие. 2021; 16(2): 6-16. DOI: 10.18470/1992‐1098‐2021‐2‐6‐16.Щелканов Е.М. Электризационная гипотеза отсутствия вшей (Anoplura Leach, 1815) у рукокрылых (Chiroptera Blumenbach, 1779) // Юг России: экология, развитие. 2021; 16(2): 6-16. DOI: 10.18470/1992‐1098‐2021‐2‐6‐16.Щелканов М.Ю., Власов Н.А., Киреев Д.Е. и др. Клинические признаки заболевания у птиц, вызванного высокопатогенными вариантами вируса гриппа А/H5N1, в эпицентре эпизоотии на юге Западной Сибири (июль 2005 г.) // Журнал инфекционной патологии. 2005; 12(3-4): 121-124.Щелканов М.Ю., Власов Н.А., Киреев Д.Е. и др. Клинические признаки заболевания у птиц, вызванного высокопатогенными вариантами вируса гриппа А/H5N1, в эпицентре эпизоотии на юге Западной Сибири (июль 2005 г.) // Журнал инфекционной патологии. 2005; 12(3-4): 121-124.Щелканов М.Ю. Эволюция высоковирулентного вируса гриппа А (H5N1) в экосистемах Северной Евразии (2005–2009 гг.) // Дис. … д.б.н. М.: НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского РАМН, 2010; 488 с.Щелканов М.Ю. Эволюция высоковирулентного вируса гриппа А (H5N1) в экосистемах Северной Евразии (2005–2009 гг.) // Дис. … д.б.н. М.: НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского РАМН, 2010; 488 с.Щелканов М.Ю., Львов Д.К. Новый субтип вируса гриппа А от летучих мышей и новые задачи эколого-вирусологического мониторинга // Вопросы вирусологии. 2012; (Приложение 1): 159- 168.Щелканов М.Ю., Львов Д.К. Новый субтип вируса гриппа А от летучих мышей и новые задачи эколого-вирусологического мониторинга // Вопросы вирусологии. 2012; (Приложение 1): 159- 168.Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности // Лечащий врач. 2013; 10: 49-54.Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности // Лечащий врач. 2013; 10: 49-54.Щелканов М.Ю., Львов Д.К. Экология: история становления основных концепций // В сб.: Новые и возвращающиеся инфекции в системе биобезопасности Российской Федерации. М.: Издво Первого МГМУ им. И.М. Сеченова, 2014; 6-20.Щелканов М.Ю., Львов Д.К. Экология: история становления основных концепций // В сб.: Новые и возвращающиеся инфекции в системе биобезопасности Российской Федерации. М.: Издво Первого МГМУ им. И.М. Сеченова, 2014; 6-20.Щелканов М.Ю., Аристова В.А., Чумаков В.М., Львов Д.К. Историография термина «природный очаг» // В сб.: Новые и возвращающиеся инфекции в системе биобезопасности Российской Федерации. М.: Изд-во Первого МГМУ им. И.М. Сеченова, 2014; 21-32.Щелканов М.Ю., Аристова В.А., Чумаков В.М., Львов Д.К. Историография термина «природный очаг» // В сб.: Новые и возвращающиеся инфекции в системе биобезопасности Российской Федерации. М.: Изд-во Первого МГМУ им. И.М. Сеченова, 2014; 21-32.Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015; (2): 94-98.Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015; (2): 94-98.Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май-июль 2015 г.): причины, динамика, выводы // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015; (3): 89-93.Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май-июль 2015 г.): причины, динамика, выводы // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015; (3): 89-93.Щелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г. и др. История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae) // Инфекция и иммунитет. 2020; 10(2): 221- 246. DOI: 10.15789/2220-7619-HOI-1412.Щелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г. и др. История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae) // Инфекция и иммунитет. 2020; 10(2): 221- 246. DOI: 10.15789/2220-7619-HOI-1412.Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Бургасова О.А. и др. COVID-19: этиология, клиника, лечение // Инфекция и иммунитет. 2020; 10(3): 421-445. DOI: 10.15789/2220-7619-CEC-1473.Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Бургасова О.А. и др. COVID-19: этиология, клиника, лечение // Инфекция и иммунитет. 2020; 10(3): 421-445. DOI: 10.15789/2220-7619-CEC-1473.Щелканов М.Ю., Дунаева М.Н., Москвина Т.В. и др. Каталог вирусов рукокрылых (2020) // Юг России: экология, развитие. 2020; 15(3): 6-30. DOI: 10.18470/1992‐1098‐2020‐3‐6‐30.Щелканов М.Ю., Дунаева М.Н., Москвина Т.В. и др. Каталог вирусов рукокрылых (2020) // Юг России: экология, развитие. 2020; 15(3): 6-30. DOI: 10.18470/1992‐1098‐2020‐3‐6‐30.Щелканов М.Ю., Леонова Г.Н., Галкина И.В., Андрюков Б.Г. У истоков концепции природной очаговости // Здоровье населения и среда обитания. 2021; (5): 16-25. DOI: 10.35627/2219-5238/2021-338-5-16-25.Щелканов М.Ю., Леонова Г.Н., Галкина И.В., Андрюков Б.Г. У истоков концепции природной очаговости // Здоровье населения и среда обитания. 2021; (5): 16-25. DOI: 10.35627/2219-5238/2021-338-5-16-25.Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Любченко Е.Н. и др. Рукокрылые: общая характеристика отряда. Владивосток: Изд-во ДВФУ, 2021; 130 с. DOI: 10.24866/7444-5119-6.Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Любченко Е.Н. и др. Рукокрылые: общая характеристика отряда. Владивосток: Изд-во ДВФУ, 2021; 130 с. DOI: 10.24866/7444-5119-6.Щелканов М.Ю., Татонова Ю.В., Табакаева Т.В. и др. Эндопаразиты рукокрылых: нематоды. Владивосток: Изд-во ДФВУ, 2023; 112 с. DOI: 10.61726/5457.2024.48.27.001.Щелканов М.Ю., Татонова Ю.В., Табакаева Т.В. и др. Эндопаразиты рукокрылых: нематоды. Владивосток: Изд-во ДФВУ, 2023; 112 с. DOI: 10.61726/5457.2024.48.27.001.Щелканов М.Ю. Этиология COVID-19 // В кн.: COVID-19: от этиологии до вакцинопрофилактики. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2023; 11-53.Щелканов М.Ю. Этиология COVID-19 // В кн.: COVID-19: от этиологии до вакцинопрофилактики. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2023; 11-53.Aksamentov I., Roemer C., Hodcroft E.B., Neher R.A. Nextclade: clade assignment, mutation calling and quality control for viral genomes // J. Open Source Softw. 2021; 6(67): 3773. DOI: 10.1016/j.gene.2022.146774.Aksamentov I., Roemer C., Hodcroft E.B., Neher R.A. Nextclade: clade assignment, mutation calling and quality control for viral genomes // J. Open Source Softw. 2021; 6(67): 3773. DOI: 10.1016/j.gene.2022.146774.Besednova N.N., Andryukov B.G., Zaporozhets T.S., et al. Molecular targets of brown algae phlorotannins for the therapy of inflammatory processes of various origins // Marine Drugs. 2022; 20(4): 243. DOI: 10.3390/md20040243.Besednova N.N., Andryukov B.G., Zaporozhets T.S., et al. Molecular targets of brown algae phlorotannins for the therapy of inflammatory processes of various origins // Marine Drugs. 2022; 20(4): 243. DOI: 10.3390/md20040243.Capriotti E., Fariselli P., Casadio R. I-Mutant 2.0: predicting stability changes upon mutation from the protein sequence or structure // Nuc. Acids Res. 2005; 33: W306-10.Capriotti E., Fariselli P., Casadio R. I-Mutant 2.0: predicting stability changes upon mutation from the protein sequence or structure // Nuc. Acids Res. 2005; 33: W306-10.Gangavarapu K., Latif A.A., Mullen J.L., et al. Outbreak.info genomic reports: scalable and dynamic surveillance of SARS-CoV-2 variants and mutations // Nat. Methods. 2023; 20(4): 512-522. DOI: 10.1038/s41592-023-01769-3.Gangavarapu K., Latif A.A., Mullen J.L., et al. Outbreak.info genomic reports: scalable and dynamic surveillance of SARS-CoV-2 variants and mutations // Nat. Methods. 2023; 20(4): 512-522. DOI: 10.1038/s41592-023-01769-3.Khotimchenko Yu.S., Shchelkanov M.Yu. Viruses of the Ocean: On the shores of the aqua incognita. Horizons of taxonomic diversity // Rus. J. Marine Biol. 2024; 50: 1-24. DOI: 10.1134/S106307402401005X.Khotimchenko Yu.S., Shchelkanov M.Yu. Viruses of the Ocean: On the shores of the aqua incognita. Horizons of taxonomic diversity // Rus. J. Marine Biol. 2024; 50: 1-24. DOI: 10.1134/S106307402401005X.Rose R., Golosova O., Sukhomlinov D., et al. Flexible design of multiple metagenomics classification pipelines with UGENE // Bioinformatics. 2019; 35(11): 1963-1965. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty901.Rose R., Golosova O., Sukhomlinov D., et al. Flexible design of multiple metagenomics classification pipelines with UGENE // Bioinformatics. 2019; 35(11): 1963-1965. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty901.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.