ХАРАКТЕРНЫЕ МУТАЦИИ SARS-COV-2 В ПРИМОРСКОМ КРАЕ В 2020-2024 ГОДАХ (КРАТКОЕ СООБЩЕНИЕ)
https://doi.org/10.62963/2073-2899-2024-47-33-35
Аннотация
Были проанализированы мутации в аминокислотных последовательностях S-белка в 16 образцах вируса SARS-CoV-2, выделенных в Приморском крае в 2020-2024 годах. Анализ показал наличие от 1 до 40 аминокислотных замен, делеций или вставок. У всех образцов имелись как типичные для их линий, так и нетипичные, редкие мутации. Анализ нетипичных мутаций показал, что для геноварианта Wuhan наблюдалось относительное разнообразие индивидуальных мутаций в S-белке, что характерно для стадии эпидемического преобразования популяции вируса. Для геновариантов Delta и Omicron наблюдалось относительное единообразие даже по нетипичным мутациям, что характерно для фазы эпидемического распространения вируса.
Об авторах
А. А. Белик
ФГБНУ «НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. Сомова» Роспотребнадзора;
Дальневосточный федеральный университет
Россия
Россия
Белик Алексей Анатольевич – к.б.н., научный сотрудник лаборатории респираторных инфекций; магистрант Института медицины наук о жизни
Владивосток
Л. М. Семейкина
Дальневосточный федеральный университет;
ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Приморском крае»
Россия
Россия
Владивосток
Н. В. Крылова
ФГБНУ «НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. Сомова» Роспотребнадзора
Россия
Россия
Владивосток
М. Ю. Щелканов
ФГБНУ «НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. Сомова» Роспотребнадзора;
Дальневосточный федеральный университет
Россия
Россия
Владивосток
Список литературы
1. Грибова В.В., Окунь Д.Б., Шалфеева Е.А. и др. Облачный сервис для дифференциальной клинической диагностики острых респираторных вирусных заболеваний (в том числе – связанных с особо опасными коронавирусами) методами искусственного интеллекта // Якутский медицинский журнал. – 2020. - № 2. – С. 44-47.
2. Колобухина Л.В., Меркулова Л.Н., Малышев Н.А. и др. Стратегия ранней противовирусной терапии при гриппе как профилактика тяжёлых осложнений // Пульмонология. Приложение. – 2010. - № 1. – С. 9-14.
3. Колобухина Л.В., Меркулова Л.Н., Щелканов М.Ю. и др. Первый опыт применения препарата Ингавирин при лечении больных гриппом, вызванным новым пандемическим вирусом А / H1N1 // Consilium Medicum. – 2009. – Т. 11, № 11. – С. 83-86.
4. Никифоров В.В., Колобухина Л.В., Сметанина С.В. и др. Новая коронавирусная инфекция (COVID-19): этиология, эпидемиология, клиника, диагностика, лечение и профилактика. Методическое пособие. -М.: Департамент здравоохранения города Москвы, 2020. - 71 с.
5. Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В. и др. Генотипический портрет SARS-CoV-2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. – 2024. – Т. 101, № 1. – С. 19-35.
6. Пульмонология. Национальное руководство / Ред.: А.Г. Чучалин. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2013. - 800 с.
7. Щелканов М.Ю. Этиология COVID-19 / В кн.: COVID-19: от этиологии до вакцинопрофилактики. Руководство для врачей. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2023. – С. 11-53.
8. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? // Тихоокеанский медицинский журнал. – 2015. - № 2. – С. 94-98.
9. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май-июль 2015 г.): причины, динамика, выводы // Тихоокеанский медицинский журнал. – 2015. - № 3. – С. 89-93.
10. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Бургасова О.А. и др. COVID-19: этиология, клиника, лечение // Инфекция и иммунитет. – 2020. – Т. 10, № 3. – С. 421-445.
11. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности // Лечащий врач. – 2013. - № 10. – С. 49-54.
12. Щелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г. и др. История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales:Coronaviridae) // Инфекция и иммунитет. – 2020. – Т. 10, № 2. – С. 221-246.
13. Aksamentov I., Roemer C., Hodcroft E.B., Neher R.A. Nextclade: clade assignment, mutation calling and quality control for viral genomes // J. Open Source Soft. – 2021. – V. 6, N 67. – P. 3773.
14. Gangavarapu K., Latif A.A., Mullen J.L., et al. Outbreak.info genomic reports: scalable and dynamic surveillance of SARS-CoV-2 variants and mutations // Nat. Methods. – 2023. – V. 20, N 4. – P. 512-522.
15. Rose R., Golosova O., Sukhomlinov D., et al. Flexible design of multiple metagenomics classification pipelines with UGENE // Bioinformatics. – 2019. – V. 35, N 11. – P. 1963-1965.
16. Suryadevara N., Shrihari S., Gilchuk P., et al. Neutralizing and protective human monoclonal antibodies recognizing the N-terminal domain of the SARS-CoV-2 spike protein // Cell. – 2021. – V. 184, N 9. – P. 2316-2331.
17. Tamura T., Ito J., Uriu K., et al. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 XBB variant derived from recombination of two Omicron subvariants // Nat. Commun. – 2023. – V. 14, N 1. – P. 2800.
18. Wang Q., Iketani S., Li Z., et al. Alarming antibody evasion properties of rising SARS-CoV-2 BQ and XBB subvariants // Cell. – 2023. – V. 186, N 2. – P. 279-286.
19. Wu C.R., Yin W.C., Jiang Y., Xu H.E. Structure genomics of SARS-CoV-2 and its Omicron variant: drug design templates for COVID-19 // Acta Pharmacol. Sin. – 2022. – V. 43, N 12. – P. 3021-3033.
20. Zhang Q., Xiang R., Huo S., et al. Molecular mechanism of interaction between SARS-CoV2 and host cells and interventional therapy // Signal Transduct. TargetTher. – 2021. – V. 6, N 1. - P. 233.
Рецензия
Для цитирования:
Белик А.А., Семейкина Л.М., Крылова Н.В., Щелканов М.Ю. ХАРАКТЕРНЫЕ МУТАЦИИ SARS-COV-2 В ПРИМОРСКОМ КРАЕ В 2020-2024 ГОДАХ (КРАТКОЕ СООБЩЕНИЕ). Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2024;(47):33-35. https://doi.org/10.62963/2073-2899-2024-47-33-35
For citation:
Belik A.A., Semeikina L.M., Krylova N.V., Shchelkanov M.Yu. CHARACTERISTIC MUTATIONS OF SARS-COV-2 IN PRIMORSKY KRAI DURING 2020- 2024 (SHORT COMMUNICATION). Far Eastern Journal of Infectious Pathology. 2024;(47):33-35. (In Russ.) https://doi.org/10.62963/2073-2899-2024-47-33-35
Просмотров:
14
Послать статью по эл. почте 