Анализ филогенетических связей между изолятами вируса гепатита C, циркулировавшими среди населения в регионах ДФО на протяжении 2021- 2025 гг.

   Введение. Вирусный гепатит С продолжает оставаться острой проблемой современного здравоохранения. Осуществление молекулярно-генетического надзора за возбудителем дополняет существующий классический эпидемиологический анализ, позволяя изучать филогенетические связи, существующие между циркулирующими вариантами вируса.

   Цель исследования – изучение филогенетических связей между вариантами вируса гепатита С, циркулировавшими на протяжении 2021-2025 гг. на отдельных территориях, входящих в состав Дальневосточного федерального округа.

   Материалы и методы. Проведено секвенирование и филогенетический анализ 135 изолятов вируса гепатита С, циркулировавших среди населения Хабаровского края, Магаданской, Сахалинской и Амурской областей в 2021-2025 гг.

   Результаты и обсуждение. Кластеризация нуклеотидных последовательностей вируса гепатита С, циркулировавших в Дальневосточном федеральном округе, характеризуется формированием клад с высоким уровнем апостериорной поддержки, включающих сиквенсы как из охваченных наблюдением субъектов Дальневосточного федерального округа, так и других регионов России и зарубежных стран. Из них можно выделить несколько клад, обращающих на себя особое внимание. Например, наличие кластера, сформированного нуклеотидными последовательностями 3а субтипа вируса, изолированными от пациентов с сочетанной инфекцией ВИЧ и хроническим гепатитом С из Магаданской области, можно интерпретировать как сеть передачи вируса гепатита С среди лиц, живущих с ВИЧ. Несколько монофилетических кластеров, включающих сиквенсы, полученные от пациентов с моноинфекцией хроническим гепатитом С из Хабаровского края (2а субтип) и Амурской области (1b субтип), имеют признаки локальной передачи вируса среди населения регионов.

   Выводы. Проведение регулярного мониторинга за вариантами вируса гепатита С способствует расширению существующих знаний о молекулярно-эпидемиологических закономерностях между циркулирующими в субъектах Дальневосточного федерального округа изолятами вируса.

1. ВОЗ. Информационный бюллетень. Гепатит В. 2025. Available from: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/hepatitis-b; 1. ВОЗ. https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/hepatitis-c.

2. Государственный доклад «О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2024 году», 424 с..

3. Чуланов В.П., Городин В.Н., Сагалова О.И., Иванова М.Р., Кравченко И.Э., Симакова А.И. и др. Бремя вирусного гепатита С в Российской Федерации: от реальной ситуации к стратегии. Инфекционные болезни. 2021; 19(4): 52–63. DOI: 10.20953/1729-9225-2021-4-52-63.

4. Ровный В.Б., Жарков А.В., Катичева А.В., Мастерова И.Ю. Роль пангенотипных препаратов прямого противовирусного действия в лечении хронического вирусного гепатита С. Инфекционные болезни: Новости. Мнения. Обучение. 2024;13(3):83-88. DOI:10.33029/2305-3496-2024-13-3-83-88.

5. Cheung A., Kwo P. Viral Hepatitis Other than A, B, and C: Evaluation and Management. Clin Liver Dis 2020; 24: 405-419; DOI: 10.1016/j.cld.2020.04.008].

6. Te H., Doucette K. Viral hepatitis: Guidelines by the American Society of Transplantation Infectious Disease Community of Practice. Clin Transplant 2019; 33:e13514; DOI: 10.1111/ctr.13514.

7. Simmonds P., Bukh J., Combet C., Deleage G., Enomoto N., Feinstone S., et al. Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis С virus genotype. Hepatology. 2005. 42: 962–73. DOI: 10.1002/hep.20819.

8. Borgia S.M., Hedskog C., Parhy B., Hyland RH., Stamm L.M., Brainard D.M., et al. Identification of a Novel Hepatitis C Virus Genotype From Punjab, India: Expanding Classification of Hepatitis C Virus Into 8 Genotypes. J Infect Dis. 2018. 218(11):1722– 1729. DOI: 10.1093/infdis/jiy401.

9. Пименов Н.Н., Комарова С.В., Карандашова И.В., Цапкова Н.Н., Волчкова Е.В., Чуланов В.П. Гепатит С и его исходы в России: анализ заболеваемости, распространенности и смертности до начала программы элиминации инфекции. Инфекционные болезни. 2018;16(3):37-45. DOI: 10.20953/1729-9225-2018-3-37-45.

10. Pimenov N., Kostyushev D., Komarova S., Fomicheva A., Urtikov A., Belaia O., et al. Epidemiology and Genotype Distribution of Hepatitis C Virus in Russia. Pathogens. 2022 Dec 6;11(12):1482. DOI: 10.3390/pathogens11121482.

11. Акимов И.А., Тимофеев Д.И., Мавзютов А.Р., Иванов М.К. Выявление циркулирующей рекомбинантной формы RF1_2k/1b вируса гепатита С в сыворотке крови пациентов методом ОТ-ПЦР в режиме реального времени. Клиническая лабораторная диагностика.2021;66(2):122-128. DOI: 10.51620/0869-2084-2021-66-122-128.

12. Дементьева Н.Е., Калинина О.В., Знойко О.О., Беляков Н.А., Жебрун А.Б. Циркулирующая рекомбинантная форма вируса гепатита С RF2k/1b: проблемы диагностики и терапии. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2016;8(1):42-52. DOI: 10.22328/2077-9828-2016-8-1-42-52.

13. Kichatova V.S., Kyuregyan K.K., Soboleva N.V., Karlsen A.A., Isaeva O.V., Isaguliants M.G., et al. Frequency of Interferon-Resistance Conferring Substitutions in Amino Acid Positions 70 and 91 of Core Protein of the Russian HCV 1b Isolates Analyzed in the T-Cell Epitopic Context. J Immunol Res. 2018;2018:7685371. DOI: 10.1155/2018/7685371.

14. Hall T.A. BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series. 1999. 41, 95-98.

15. Bouckaert R., Vaughan T.G., Barido-Sottani J., Duchêne S., Fourment M., Gavryushkina A., et al. BEAST 2.5: An advanced software platform for Bayesian evolutionary analysis. PLoS computational biology.2019;15(4), e1006650.

16. Nguyen L.T., Schmidt H.A., von Haeseler A., Minh B.Q. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies. Mol Biol Evol. 2015;32(1):268-274. DOI: 10.1093/molbev/msu300.

17. Kouyos R.D., Rauch A., Böni J., Yerly S., Shah C., Aubert V., et al. Clustering of HCV coinfections on HIV phylogeny indicates domestic and sexual transmission of HCV. Int J Epidemiol. 2014;43(3):887-896. DOI: 10.1093/ije/dyt276.

18. Falade-Nwulia O., Hackman J., Mehta S.H., McCormick S.D., Kirk G.D., Sulkowski M. et al. Factors associated with phylogenetic clustering of hepatitis C among people who inject drugs in Baltimore. BMC Infect Dis. 2020;20(1):815. DOI: 10.1186/s12879-020-05546-x.

19. Bartlett S.R., Applegate T.L., Jacka B.P., Martinello M., Lamoury F.M., Danta M. et al. A latent class approach to identify multi-risk profiles associated with phylogenetic clustering of recent hepatitis C virus infection in Australia and New Zealand from 2004 to 2015. J Int AIDS Soc. 2019;22(2):e25222. DOI: 10.1002/jia2.25222.