infectpataogДальневосточный журнал инфекционной патологииFar Eastern Journal of Infectious Pathology2073-2899ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора10.62963/2073-2899-2026-53-32-46infectpataog-595Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL INVESTIGATIONSАнализ филогенетических связей между изолятами вируса гепатита C, циркулировавшими среди населения в регионах ДФО на протяжении 2021- 2025 гг.Phylogenetic analysis of hepatitis C virus isolates circulation among population of the far Eastern federal district constituent entities during 2021-2025БазыкинаЕ. А.BazykinaE. A.

Елена Анатольевна Базыкина, научный сотрудник

лаборатория эпидемиологии и профилактики вирусных гепатитов и СПИД

Хабаровск

Khabarovsk

dvaids@mail.ruТроценкоО. Е.TrotsenkoO. E.

Хабаровск

Khabarovsk

КотоваВ. О.KotovaV. O.

Хабаровск

Khabarovsk

БалахонцеваЛ. А.BalakhonstevaL. A.

Хабаровск

Khabarovsk

БУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии РоспотребнадзораРоссияFBUN Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of the Federal service for surveillance on consumers rights protection and human wellbeing (Rospotrebnadzor)Russian Federation2026300720260533246Copyright © Базыкина Е.А., Троценко О.Е., Котова В.О., Балахонцева Л.А., 20262026Базыкина Е.А., Троценко О.Е., Котова В.О., Балахонцева Л.А.Bazykina E.A., Trotsenko O.E., Kotova V.O., Balakhonsteva L.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://infectpataog.elpub.ru/jour/article/view/595   Введение

   Введение. Вирусный гепатит С продолжает оставаться острой проблемой современного здравоохранения. Осуществление молекулярно-генетического надзора за возбудителем дополняет существующий классический эпидемиологический анализ, позволяя изучать филогенетические связи, существующие между циркулирующими вариантами вируса.

   Цель исследования – изучение филогенетических связей между вариантами вируса гепатита С, циркулировавшими на протяжении 2021-2025 гг. на отдельных территориях, входящих в состав Дальневосточного федерального округа.

   Материалы и методы

   Материалы и методы. Проведено секвенирование и филогенетический анализ 135 изолятов вируса гепатита С, циркулировавших среди населения Хабаровского края, Магаданской, Сахалинской и Амурской областей в 2021-2025 гг.

   Результаты и обсуждение. Кластеризация нуклеотидных последовательностей вируса гепатита С, циркулировавших в Дальневосточном федеральном округе, характеризуется формированием клад с высоким уровнем апостериорной поддержки, включающих сиквенсы как из охваченных наблюдением субъектов Дальневосточного федерального округа, так и других регионов России и зарубежных стран. Из них можно выделить несколько клад, обращающих на себя особое внимание. Например, наличие кластера, сформированного нуклеотидными последовательностями 3а субтипа вируса, изолированными от пациентов с сочетанной инфекцией ВИЧ и хроническим гепатитом С из Магаданской области, можно интерпретировать как сеть передачи вируса гепатита С среди лиц, живущих с ВИЧ. Несколько монофилетических кластеров, включающих сиквенсы, полученные от пациентов с моноинфекцией хроническим гепатитом С из Хабаровского края (2а субтип) и Амурской области (1b субтип), имеют признаки локальной передачи вируса среди населения регионов.

   Выводы

   Выводы. Проведение регулярного мониторинга за вариантами вируса гепатита С способствует расширению существующих знаний о молекулярно-эпидемиологических закономерностях между циркулирующими в субъектах Дальневосточного федерального округа изолятами вируса.

   Introduction

   Introduction. Viral hepatitis C remains a pressing issue of modern healthcare. Molecular-genetic surveillance of the pathogen extends the classic epidemiological approach and allows the study of phylogenetic relationships between the circulating virus variants.

   Objective of the research – to study phylogenetic relationship between the hepatitis C variants that were circulating in some constituent entities of the Far Eastern federal district during 2021-2025.

   Materials and methods

   Materials and methods. Sequencing (n=135) and phylogenetic analysis of hepatitis C virus isolates circulating among the population of the Khabarovsk Krai, Magadan, Sakhalin and Amur Oblasts in 2021-2025 were performed.

   Results and discussion. Phylogenetic clustering of the nucleotide sequences of the variants circulating in the Far Eastern federal district demonstrates clades comprising sequences from surveyed regions of the district, other territories of the Russian Federation, and foreign countries. Some of the monophyletic clusters should be paid special attention. For example, a cluster of 3a subtype hepatitis C virus nucleotide sequences derived from patients with HIV and chronic hepatitis C infection could represent a viral transmission network among people living with HIV in the Magadan Oblast. Other monophyletic clusters that include isolates obtained from patients with chronic hepatitis C monoinfection residing in the Khabarovsk Krai (2a subtype) and Amur Region (1b subtype) display features of a regional viral network.

   Conclusion

   Conclusion. Regular surveillance of hepatitis C virus variants contributes to expansion of the existing knowledge of molecular-epidemiological characteristics of isolates circulating in the constituent entities of the Far Eastern federal district.

вирус гепатита Сгенотипыфилогенетический анализАмурская областьХабаровский крайМагаданская областьСахалинская областьhepatitis C virusgenotypesphylogenetic analysisAmur OblastKhabarovsk KraiMagadan OblastSakhalin OblastReferencesВОЗ. Информационный бюллетень. Гепатит В. 2025. Available from: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/hepatitis-b; 1. ВОЗ. https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/hepatitis-c.ВОЗ. Информационный бюллетень. Гепатит В. 2025. Available from: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/hepatitis-b; 1. ВОЗ. https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/hepatitis-c.Государственный доклад «О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2024 году», 424 с..Государственный доклад «О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2024 году», 424 с..Чуланов В.П., Городин В.Н., Сагалова О.И., Иванова М.Р., Кравченко И.Э., Симакова А.И. и др. Бремя вирусного гепатита С в Российской Федерации: от реальной ситуации к стратегии. Инфекционные болезни. 2021; 19(4): 52–63. DOI: 10.20953/1729-9225-2021-4-52-63.Чуланов В.П., Городин В.Н., Сагалова О.И., Иванова М.Р., Кравченко И.Э., Симакова А.И. и др. Бремя вирусного гепатита С в Российской Федерации: от реальной ситуации к стратегии. Инфекционные болезни. 2021; 19(4): 52–63. DOI: 10.20953/1729-9225-2021-4-52-63.Ровный В.Б., Жарков А.В., Катичева А.В., Мастерова И.Ю. Роль пангенотипных препаратов прямого противовирусного действия в лечении хронического вирусного гепатита С. Инфекционные болезни: Новости. Мнения. Обучение. 2024;13(3):83-88. DOI:10.33029/2305-3496-2024-13-3-83-88.Ровный В.Б., Жарков А.В., Катичева А.В., Мастерова И.Ю. Роль пангенотипных препаратов прямого противовирусного действия в лечении хронического вирусного гепатита С. Инфекционные болезни: Новости. Мнения. Обучение. 2024;13(3):83-88. DOI:10.33029/2305-3496-2024-13-3-83-88.Cheung A., Kwo P. Viral Hepatitis Other than A, B, and C: Evaluation and Management. Clin Liver Dis 2020; 24: 405-419; DOI: 10.1016/j.cld.2020.04.008].Cheung A., Kwo P. Viral Hepatitis Other than A, B, and C: Evaluation and Management. Clin Liver Dis 2020; 24: 405-419; DOI: 10.1016/j.cld.2020.04.008].Te H., Doucette K. Viral hepatitis: Guidelines by the American Society of Transplantation Infectious Disease Community of Practice. Clin Transplant 2019; 33:e13514; DOI: 10.1111/ctr.13514.Te H., Doucette K. Viral hepatitis: Guidelines by the American Society of Transplantation Infectious Disease Community of Practice. Clin Transplant 2019; 33:e13514; DOI: 10.1111/ctr.13514.Simmonds P., Bukh J., Combet C., Deleage G., Enomoto N., Feinstone S., et al. Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis С virus genotype. Hepatology. 2005. 42: 962–73. DOI: 10.1002/hep.20819.Simmonds P., Bukh J., Combet C., Deleage G., Enomoto N., Feinstone S., et al. Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis С virus genotype. Hepatology. 2005. 42: 962–73. DOI: 10.1002/hep.20819.Borgia S.M., Hedskog C., Parhy B., Hyland RH., Stamm L.M., Brainard D.M., et al. Identification of a Novel Hepatitis C Virus Genotype From Punjab, India: Expanding Classification of Hepatitis C Virus Into 8 Genotypes. J Infect Dis. 2018. 218(11):1722– 1729. DOI: 10.1093/infdis/jiy401.Borgia S.M., Hedskog C., Parhy B., Hyland RH., Stamm L.M., Brainard D.M., et al. Identification of a Novel Hepatitis C Virus Genotype From Punjab, India: Expanding Classification of Hepatitis C Virus Into 8 Genotypes. J Infect Dis. 2018. 218(11):1722– 1729. DOI: 10.1093/infdis/jiy401.Пименов Н.Н., Комарова С.В., Карандашова И.В., Цапкова Н.Н., Волчкова Е.В., Чуланов В.П. Гепатит С и его исходы в России: анализ заболеваемости, распространенности и смертности до начала программы элиминации инфекции. Инфекционные болезни. 2018;16(3):37-45. DOI: 10.20953/1729-9225-2018-3-37-45.Пименов Н.Н., Комарова С.В., Карандашова И.В., Цапкова Н.Н., Волчкова Е.В., Чуланов В.П. Гепатит С и его исходы в России: анализ заболеваемости, распространенности и смертности до начала программы элиминации инфекции. Инфекционные болезни. 2018;16(3):37-45. DOI: 10.20953/1729-9225-2018-3-37-45.Pimenov N., Kostyushev D., Komarova S., Fomicheva A., Urtikov A., Belaia O., et al. Epidemiology and Genotype Distribution of Hepatitis C Virus in Russia. Pathogens. 2022 Dec 6;11(12):1482. DOI: 10.3390/pathogens11121482.Pimenov N., Kostyushev D., Komarova S., Fomicheva A., Urtikov A., Belaia O., et al. Epidemiology and Genotype Distribution of Hepatitis C Virus in Russia. Pathogens. 2022 Dec 6;11(12):1482. DOI: 10.3390/pathogens11121482.Акимов И.А., Тимофеев Д.И., Мавзютов А.Р., Иванов М.К. Выявление циркулирующей рекомбинантной формы RF1_2k/1b вируса гепатита С в сыворотке крови пациентов методом ОТ-ПЦР в режиме реального времени. Клиническая лабораторная диагностика.2021;66(2):122-128. DOI: 10.51620/0869-2084-2021-66-122-128.Акимов И.А., Тимофеев Д.И., Мавзютов А.Р., Иванов М.К. Выявление циркулирующей рекомбинантной формы RF1_2k/1b вируса гепатита С в сыворотке крови пациентов методом ОТ-ПЦР в режиме реального времени. Клиническая лабораторная диагностика.2021;66(2):122-128. DOI: 10.51620/0869-2084-2021-66-122-128.Дементьева Н.Е., Калинина О.В., Знойко О.О., Беляков Н.А., Жебрун А.Б. Циркулирующая рекомбинантная форма вируса гепатита С RF2k/1b: проблемы диагностики и терапии. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2016;8(1):42-52. DOI: 10.22328/2077-9828-2016-8-1-42-52.Дементьева Н.Е., Калинина О.В., Знойко О.О., Беляков Н.А., Жебрун А.Б. Циркулирующая рекомбинантная форма вируса гепатита С RF2k/1b: проблемы диагностики и терапии. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2016;8(1):42-52. DOI: 10.22328/2077-9828-2016-8-1-42-52.Kichatova V.S., Kyuregyan K.K., Soboleva N.V., Karlsen A.A., Isaeva O.V., Isaguliants M.G., et al. Frequency of Interferon-Resistance Conferring Substitutions in Amino Acid Positions 70 and 91 of Core Protein of the Russian HCV 1b Isolates Analyzed in the T-Cell Epitopic Context. J Immunol Res. 2018;2018:7685371. DOI: 10.1155/2018/7685371.Kichatova V.S., Kyuregyan K.K., Soboleva N.V., Karlsen A.A., Isaeva O.V., Isaguliants M.G., et al. Frequency of Interferon-Resistance Conferring Substitutions in Amino Acid Positions 70 and 91 of Core Protein of the Russian HCV 1b Isolates Analyzed in the T-Cell Epitopic Context. J Immunol Res. 2018;2018:7685371. DOI: 10.1155/2018/7685371.Hall T.A. BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series. 1999. 41, 95-98.Hall T.A. BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series. 1999. 41, 95-98.Bouckaert R., Vaughan T.G., Barido-Sottani J., Duchêne S., Fourment M., Gavryushkina A., et al. BEAST 2.5: An advanced software platform for Bayesian evolutionary analysis. PLoS computational biology.2019;15(4), e1006650.Bouckaert R., Vaughan T.G., Barido-Sottani J., Duchêne S., Fourment M., Gavryushkina A., et al. BEAST 2.5: An advanced software platform for Bayesian evolutionary analysis. PLoS computational biology.2019;15(4), e1006650.Nguyen L.T., Schmidt H.A., von Haeseler A., Minh B.Q. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies. Mol Biol Evol. 2015;32(1):268-274. DOI: 10.1093/molbev/msu300.Nguyen L.T., Schmidt H.A., von Haeseler A., Minh B.Q. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies. Mol Biol Evol. 2015;32(1):268-274. DOI: 10.1093/molbev/msu300.Kouyos R.D., Rauch A., Böni J., Yerly S., Shah C., Aubert V., et al. Clustering of HCV coinfections on HIV phylogeny indicates domestic and sexual transmission of HCV. Int J Epidemiol. 2014;43(3):887-896. DOI: 10.1093/ije/dyt276.Kouyos R.D., Rauch A., Böni J., Yerly S., Shah C., Aubert V., et al. Clustering of HCV coinfections on HIV phylogeny indicates domestic and sexual transmission of HCV. Int J Epidemiol. 2014;43(3):887-896. DOI: 10.1093/ije/dyt276.Falade-Nwulia O., Hackman J., Mehta S.H., McCormick S.D., Kirk G.D., Sulkowski M. et al. Factors associated with phylogenetic clustering of hepatitis C among people who inject drugs in Baltimore. BMC Infect Dis. 2020;20(1):815. DOI: 10.1186/s12879-020-05546-x.Falade-Nwulia O., Hackman J., Mehta S.H., McCormick S.D., Kirk G.D., Sulkowski M. et al. Factors associated with phylogenetic clustering of hepatitis C among people who inject drugs in Baltimore. BMC Infect Dis. 2020;20(1):815. DOI: 10.1186/s12879-020-05546-x.Bartlett S.R., Applegate T.L., Jacka B.P., Martinello M., Lamoury F.M., Danta M. et al. A latent class approach to identify multi-risk profiles associated with phylogenetic clustering of recent hepatitis C virus infection in Australia and New Zealand from 2004 to 2015. J Int AIDS Soc. 2019;22(2):e25222. DOI: 10.1002/jia2.25222.Bartlett S.R., Applegate T.L., Jacka B.P., Martinello M., Lamoury F.M., Danta M. et al. A latent class approach to identify multi-risk profiles associated with phylogenetic clustering of recent hepatitis C virus infection in Australia and New Zealand from 2004 to 2015. J Int AIDS Soc. 2019;22(2):e25222. DOI: 10.1002/jia2.25222.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.