ТИПИЧНЫЕ И МАЛОРАСПРОСТРАНЁННЫЕ МУТАЦИИ SARS-COV-2 В ПРИМОРСКОМ КРАЕ (2020-2024 ГГ.)

В НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова Роспотребнадзора были секвенированы 1024 образца SARS-CoV-2, отобранных с 29.09.2020 по 20.12.2024 в Приморском крае. Полученные нуклеотидные последовательности были депонированы в российскую национальную базу молекулярно-генетических данных VGARus. Биоинформационный анализ указанных нуклеотидных последовательностей позволил классифицировать их как принадлежащие к 143 различным генетическим линиям Pango, из которых наиболее часто встречались B.1.1 (178 образцов), JN.1.7 (98) и AY.122 (67). В исследованных образцах были обнаружены как не только типичные, но и нехарактерные для своих генетических линий мутации.

1. Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II. Динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022; 99(4): 381-396. DOI: 10.36233/0372-9311-295

2. Никифоров В.В., Колобухина Л.В., Сметанина С.В. и др. Новая коронавирусная инфекция (COVID-19): этиология, эпидемиология, клиника, диагностика, лечение и профилактика. М.: Департамент здравоохранения города Москвы, 2020; 71 с.

3. Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В. и др. Генотипический портрет SARS-CoV-2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024; 101(1): 19-35. DOI: 10.36233/0372-9311-497

4. Щелканов Е.М. Электризационная гипотеза отсутствия вшей (Anoplura Leach, 1815) у рукокрылых (Chiroptera Blumenbach, 1779) // Юг России: экология, развитие. 2021; 16(2): 6-16. DOI: 10.18470/1992‐1098‐2021‐2‐6‐16

5. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности // Лечащий врач. 2013; 10: 49-54.

6. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015; (2): 94-98.

7. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май-июль 2015 г.): причины, динамика, выводы // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015; (3): 89-93.

8. Щелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г. и др. История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae) // Инфекция и иммунитет. 2020; 10(2): 221-246. DOI: 10.15789/2220-7619-HOI-1412

9. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Бургасова О.А. и др. COVID-19: этиология, клиника, лечение // Инфекция и иммунитет. 2020; 10(3): 421-445. DOI: 10.15789/2220-7619-CEC-1473

10. Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Любченко Е.Н. и др. Рукокрылые: общая характеристика отряда. Владивосток: Изд-во ДФВУ, 2021; 130 с. DOI: 10.24866/7444-5119-6

11. Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Щелканов Е.М. и др. Насекомые-эктопаразиты рукокрылых. Владивосток: Изд-во ДВФУ, 2022; 242 с. DOI: 10.24866/7444-5404-3

12. Щелканов М.Ю., Татонова Ю.В., Табакаева Т.В. и др. Эндопаразиты рукокрылых: нематоды. Владивосток: Изд-во ДФВУ, 2023; 112 с. DOI: 10.61726/5457.2024.48.27.001

13. Щелканов М.Ю. Этиология COVID-19 // В кн.: COVID-19: от этиологии до вакцинопрофилактики. Руководство для врачей. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2023; 11-53.

14. Abdullaev A., Abdurakhimov A., Mirakbarova Z., et al. Genome sequence diversity of SARSCoV-2 obtained from clinical samples in Uzbekistan // PLOS ONE. 2022; 17(6): e0270314. DOI: 10.1371/journal.pone.0270314

15. Chen S., Huang Z., Guo Y., et al. Evolving spike mutations in SARS-CoV-2 Omicron variants facilitate evasion from breakthrough infection-acquired antibodies // Cell Discov. 2023; 9: 86. DOI: 10.1038/s41421-023-00584-6

16. Chi X., Yan R., Zhang J., et al. A neutralizing human antibody binds to the N-terminal domain of the Spike protein of SARS-CoV-2 // Science. 2020; 369(6504): 650-655. DOI: 10.1126/science.abc6952

17. Gangavarapu K., Latif A.A., Mullen J.L., et al. Outbreak.info genomic reports: scalable and dynamic surveillance of SARS-CoV-2 variants and mutations // Nat Methods. 2023; 20(4): 512-522. DOI: 10.1038/s41592-023-01769-3

18. Klinakis A., Cournia Z., Rampias T. N-terminal domain mutations of the spike protein are structurally implicated in epitope recognition in emerging SARS-CoV-2 strains // Comput. Struct. Biotechnol. J. 2021; 5556-5567. DOI: 10.1016/j.csbj.2021.10.004

19. Klink G.V., Safina K.R., Garushyants S.K., et al. Spread of endemic SARS-CoV-2 lineages in Russia before April 2021 // PLoS One. 2022; 17(7): e0270717. DOI: 10.1371/journal.pone.0270717

20. Wang R., Chen J., Hozumi Y., et al. Emerging vaccine-breakthrough SARS-CoV-2 variants // ACS Infect. Dis. 2022; 8(3): 546-556. DOI: 10.1021/acsinfecdis.1c00557