infectpataogДальневосточный журнал инфекционной патологииFar Eastern Journal of Infectious Pathology2073-2899ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора10.62963/2073-2899-2025-50-74-76infectpataog-531Research ArticleМАТЕРИАЛЫ IX НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКОЙ КОНФЕРЕНЦИИ «АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ ИНФЕКЦИОННОЙ ПАТОЛОГИИ НА ДАЛЬНЕМ ВОСТОКЕ РОССИИ», ПРИУРОЧЕННОЙ К 100-ЛЕТИЮ СО ДНЯ ОСНОВАНИЯ ФЕДЕРАЛЬНОГО БЮДЖЕТНОГО УЧРЕЖДЕНИЯ НАУКИ «ХАБАРОВСКИЙ НАУЧНОИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ИНСТИТУТ ЭПИДЕМИОЛОГИИ И МИКРОБИОЛОГИИ» ФЕДЕРАЛЬНОЙ СЛУЖБЫ ПО НАДЗОРУ В СФЕРЕ ЗАЩИТЫ ПРАВ ПОТРЕБИТЕЛЕЙ И БЛАГОПОЛУЧИЯ ЧЕЛОВЕКА (30-31 ОКТЯБРЯ 2025 Г., ХАБАРОВСК)MATERIALS OF THE IX SCIENTIFIC AND PRACTICAL CONFERENCE "TOPICAL ISSUES OF INFECTIOUS PATHOLOGY IN THE RUSSIAN FAR EAST", DEDICATED TO THE 100TH ANNIVERSARY OF THE FOUNDING OF THE KHABAROVSK SCIENTIFIC RESEARCH INSTITUTE OF EPIDEMIOLOGY AND MICROBIOLOGY OF THE FEDERAL SERVICE FOR SUPERVISION OF CONSUMER RIGHTS PROTECTION AND HUMAN WELL-BEING (OCTOBER 30-31, 2025, KHABAROVSK)ТИПИЧНЫЕ И МАЛОРАСПРОСТРАНЁННЫЕ МУТАЦИИ SARS-COV-2 В ПРИМОРСКОМ КРАЕ (2020-2024 ГГ.)TYPICAL AND RARE MUTATIONS OF SARS-COV-2 IN PRIMORSKY KRAI (2020-2024)БеликА. А.BelikA. A.

Белик Алексей Анатольевич - к.б.н., н.с. лаборатории респираторных инфекций,

Владивосток

Vladivostok

belik_a_a@mail.ruСемейкинаЛ. М.SemeikinaL. M.

Владивосток

Vladivostok

ПерсияноваЕ. В.PersiyanovaE. V.

Владивосток

Vladivostok

ТрофимоваМ. Ф.TrofimovaM. F.

Владивосток

Vladivostok

МилованкинП. Г.MilovankinP. G.

Владивосток

Vladivostok

БеловЮ. А.BelovYu. A.

Владивосток

Vladivostok

КрыловаН. В.KrylovaN. V.

Владивосток

Vladivostok

КрыжановскийС. П.KryzhanovskyS. P.

Владивосток

Vladivostok

ЩелкановМ. Ю.ShchelkanovM. Yu.

Владивосток

Vladivostok

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова РоспотребнадзораРоссияG.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology of RospotrebnadzorRussian FederationНИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова Роспотребнадзора; Центр гигиены и эпидемиологии в Приморском краеРоссияG.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology of Rospotrebnadzor; Center for Hygiene and Epidemiology in Primorsky kraiRussian FederationНИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова Роспотребнадзора; Школа медицины и наук о жизни Дальневосточного федерального университетаРоссияG.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology of Rospotrebnadzor; School of Medicine and Life Sciences, Far Eastern Federal UniversityRussian FederationМедицинское объединение Дальневосточного отделения Российской академии наукРоссияMedical Association of the Far Eastern Branch of the Russian Academy of SciencesRussian Federation2025200420260507476Copyright © Белик А.А., Семейкина Л.М., Персиянова Е.В., Трофимова М.Ф., Милованкин П.Г., Белов Ю.А., Крылова Н.В., Крыжановский С.П., Щелканов М.Ю., 20262026Белик А.А., Семейкина Л.М., Персиянова Е.В., Трофимова М.Ф., Милованкин П.Г., Белов Ю.А., Крылова Н.В., Крыжановский С.П., Щелканов М.Ю.Belik A.A., Semeikina L.M., Persiyanova E.V., Trofimova M.F., Milovankin P.G., Belov Y.A., Krylova N.V., Kryzhanovsky S.P., Shchelkanov M.Y.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://infectpataog.elpub.ru/jour/article/view/531

В НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова Роспотребнадзора были секвенированы 1024 образца SARS-CoV-2, отобранных с 29.09.2020 по 20.12.2024 в Приморском крае. Полученные нуклеотидные последовательности были депонированы в российскую национальную базу молекулярно-генетических данных VGARus. Биоинформационный анализ указанных нуклеотидных последовательностей позволил классифицировать их как принадлежащие к 143 различным генетическим линиям Pango, из которых наиболее часто встречались B.1.1 (178 образцов), JN.1.7 (98) и AY.122 (67). В исследованных образцах были обнаружены как не только типичные, но и нехарактерные для своих генетических линий мутации.

1024 samples of SARS-CoV-2 collected from 29.09.2020 to 20.12.2024 in Primorsky krai were sequenced at the G.P. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology of Rospotrebnadzor. The obtained nucleotide sequences were deposited in the Russian national database of molecular genetic data VGARus. Bioinformatic analysis of these nucleotide sequences made it possible to classify them as belonging to 143 different Pango genetic lineages, of which B.1.1 (178 samples), JN.1.7 (98), and AY.122 (67) were the most common. In the studied samples mutations were found to be not only typical, but also uncharacteristic for their genetic lines.

SARS-CoV-2COVID-19B.1.1JN.1.7AY.122мутацииSARS-CoV-2COVID-19B.1.1JN.1.7AY.122mutationsReferencesАкимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II. Динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022; 99(4): 381-396. DOI: 10.36233/0372-9311-295Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II. Динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022; 99(4): 381-396. DOI: 10.36233/0372-9311-295Никифоров В.В., Колобухина Л.В., Сметанина С.В. и др. Новая коронавирусная инфекция (COVID-19): этиология, эпидемиология, клиника, диагностика, лечение и профилактика. М.: Департамент здравоохранения города Москвы, 2020; 71 с.Никифоров В.В., Колобухина Л.В., Сметанина С.В. и др. Новая коронавирусная инфекция (COVID-19): этиология, эпидемиология, клиника, диагностика, лечение и профилактика. М.: Департамент здравоохранения города Москвы, 2020; 71 с.Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В. и др. Генотипический портрет SARS-CoV-2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024; 101(1): 19-35. DOI: 10.36233/0372-9311-497Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В. и др. Генотипический портрет SARS-CoV-2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024; 101(1): 19-35. DOI: 10.36233/0372-9311-497Щелканов Е.М. Электризационная гипотеза отсутствия вшей (Anoplura Leach, 1815) у рукокрылых (Chiroptera Blumenbach, 1779) // Юг России: экология, развитие. 2021; 16(2): 6-16. DOI: 10.18470/1992‐1098‐2021‐2‐6‐16Щелканов Е.М. Электризационная гипотеза отсутствия вшей (Anoplura Leach, 1815) у рукокрылых (Chiroptera Blumenbach, 1779) // Юг России: экология, развитие. 2021; 16(2): 6-16. DOI: 10.18470/1992‐1098‐2021‐2‐6‐16Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности // Лечащий врач. 2013; 10: 49-54.Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности // Лечащий врач. 2013; 10: 49-54.Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015; (2): 94-98.Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015; (2): 94-98.Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май-июль 2015 г.): причины, динамика, выводы // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015; (3): 89-93.Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май-июль 2015 г.): причины, динамика, выводы // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015; (3): 89-93.Щелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г. и др. История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae) // Инфекция и иммунитет. 2020; 10(2): 221-246. DOI: 10.15789/2220-7619-HOI-1412Щелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г. и др. История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae) // Инфекция и иммунитет. 2020; 10(2): 221-246. DOI: 10.15789/2220-7619-HOI-1412Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Бургасова О.А. и др. COVID-19: этиология, клиника, лечение // Инфекция и иммунитет. 2020; 10(3): 421-445. DOI: 10.15789/2220-7619-CEC-1473Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Бургасова О.А. и др. COVID-19: этиология, клиника, лечение // Инфекция и иммунитет. 2020; 10(3): 421-445. DOI: 10.15789/2220-7619-CEC-1473Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Любченко Е.Н. и др. Рукокрылые: общая характеристика отряда. Владивосток: Изд-во ДФВУ, 2021; 130 с. DOI: 10.24866/7444-5119-6Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Любченко Е.Н. и др. Рукокрылые: общая характеристика отряда. Владивосток: Изд-во ДФВУ, 2021; 130 с. DOI: 10.24866/7444-5119-6Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Щелканов Е.М. и др. Насекомые-эктопаразиты рукокрылых. Владивосток: Изд-во ДВФУ, 2022; 242 с. DOI: 10.24866/7444-5404-3Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Щелканов Е.М. и др. Насекомые-эктопаразиты рукокрылых. Владивосток: Изд-во ДВФУ, 2022; 242 с. DOI: 10.24866/7444-5404-3Щелканов М.Ю., Татонова Ю.В., Табакаева Т.В. и др. Эндопаразиты рукокрылых: нематоды. Владивосток: Изд-во ДФВУ, 2023; 112 с. DOI: 10.61726/5457.2024.48.27.001Щелканов М.Ю., Татонова Ю.В., Табакаева Т.В. и др. Эндопаразиты рукокрылых: нематоды. Владивосток: Изд-во ДФВУ, 2023; 112 с. DOI: 10.61726/5457.2024.48.27.001Щелканов М.Ю. Этиология COVID-19 // В кн.: COVID-19: от этиологии до вакцинопрофилактики. Руководство для врачей. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2023; 11-53.Щелканов М.Ю. Этиология COVID-19 // В кн.: COVID-19: от этиологии до вакцинопрофилактики. Руководство для врачей. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2023; 11-53.Abdullaev A., Abdurakhimov A., Mirakbarova Z., et al. Genome sequence diversity of SARSCoV-2 obtained from clinical samples in Uzbekistan // PLOS ONE. 2022; 17(6): e0270314. DOI: 10.1371/journal.pone.0270314Abdullaev A., Abdurakhimov A., Mirakbarova Z., et al. Genome sequence diversity of SARSCoV-2 obtained from clinical samples in Uzbekistan // PLOS ONE. 2022; 17(6): e0270314. DOI: 10.1371/journal.pone.0270314Chen S., Huang Z., Guo Y., et al. Evolving spike mutations in SARS-CoV-2 Omicron variants facilitate evasion from breakthrough infection-acquired antibodies // Cell Discov. 2023; 9: 86. DOI: 10.1038/s41421-023-00584-6Chen S., Huang Z., Guo Y., et al. Evolving spike mutations in SARS-CoV-2 Omicron variants facilitate evasion from breakthrough infection-acquired antibodies // Cell Discov. 2023; 9: 86. DOI: 10.1038/s41421-023-00584-6Chi X., Yan R., Zhang J., et al. A neutralizing human antibody binds to the N-terminal domain of the Spike protein of SARS-CoV-2 // Science. 2020; 369(6504): 650-655. DOI: 10.1126/science.abc6952Chi X., Yan R., Zhang J., et al. A neutralizing human antibody binds to the N-terminal domain of the Spike protein of SARS-CoV-2 // Science. 2020; 369(6504): 650-655. DOI: 10.1126/science.abc6952Gangavarapu K., Latif A.A., Mullen J.L., et al. Outbreak.info genomic reports: scalable and dynamic surveillance of SARS-CoV-2 variants and mutations // Nat Methods. 2023; 20(4): 512-522. DOI: 10.1038/s41592-023-01769-3Gangavarapu K., Latif A.A., Mullen J.L., et al. Outbreak.info genomic reports: scalable and dynamic surveillance of SARS-CoV-2 variants and mutations // Nat Methods. 2023; 20(4): 512-522. DOI: 10.1038/s41592-023-01769-3Klinakis A., Cournia Z., Rampias T. N-terminal domain mutations of the spike protein are structurally implicated in epitope recognition in emerging SARS-CoV-2 strains // Comput. Struct. Biotechnol. J. 2021; 5556-5567. DOI: 10.1016/j.csbj.2021.10.004Klinakis A., Cournia Z., Rampias T. N-terminal domain mutations of the spike protein are structurally implicated in epitope recognition in emerging SARS-CoV-2 strains // Comput. Struct. Biotechnol. J. 2021; 5556-5567. DOI: 10.1016/j.csbj.2021.10.004Klink G.V., Safina K.R., Garushyants S.K., et al. Spread of endemic SARS-CoV-2 lineages in Russia before April 2021 // PLoS One. 2022; 17(7): e0270717. DOI: 10.1371/journal.pone.0270717Klink G.V., Safina K.R., Garushyants S.K., et al. Spread of endemic SARS-CoV-2 lineages in Russia before April 2021 // PLoS One. 2022; 17(7): e0270717. DOI: 10.1371/journal.pone.0270717Wang R., Chen J., Hozumi Y., et al. Emerging vaccine-breakthrough SARS-CoV-2 variants // ACS Infect. Dis. 2022; 8(3): 546-556. DOI: 10.1021/acsinfecdis.1c00557Wang R., Chen J., Hozumi Y., et al. Emerging vaccine-breakthrough SARS-CoV-2 variants // ACS Infect. Dis. 2022; 8(3): 546-556. DOI: 10.1021/acsinfecdis.1c00557

The authors declare that there are no conflicts of interest present.