APPLICATION OF RESULTS OF HIV-1 MOLECULAR-GENETIC TYPING IN EPIDEMIOLOGICAL PRACTICE IN THE FAR EASTERN FEDERAL DISTRICT OF THE RUSSIAN FEDERATION

Objective – to describe current epidemiologic situation concerning HIV-infection in the Far Eastern federal district (FEFD) as well as evaluate molecular-genetic diversity of human immune deficiency virus and demonstrate applicability of the obtained results in practical epidemiology.

Materials and methods. A retrospective analysis of epidemic situation including evaluation of HIVinfection prevalence and incidence during 2006-2018 years was conducted. Molecular genetic analyses was performed for 211 plasma samples obtained from HIV-infected residents of the Far Eastern federal district. Nucleotide sequences of HIV-1 genome were identified via sequencing the amplified pol gene fragments that is coding HIV protease and a part of reverse transcriptase. Phylogenetic analysis was performed with MEGA v. 6.0. Software. Neighbor joining method was utilized to build phylogenetic trees.

Results of the research. An increasing forward trend of HIV-infection epidemic process exceeding those in Russian Federation were revealed in the FEFD. HIV-infection epidemic in the FEFD is notable for variance of territorial indices. The highest intensity of the epidemic process was revealed in border regions near China (Primorsky and Khabarovsk regions). Molecular-genetic research showed that in most of the FEFD territories a genetic variant IDU-A continues to be prevalent in 70.1±3.2% of the cases. Circulation of HIV B subtype was detected in 14 cases (6.6±1.7%). Subtype C was identified in 4 (1.9±0.9%) HIV-infected residents of the FEFD. HIV recombinant forms were revealed among the rest examined patients. The specter of recombinant forms was evaluated.

Conclusion. The results of molecular-genetic research can be used to reveal imported cases of the disease, epidemiological connection between cases of HIV-infection, potential infection route and geographic spread of pathogen.

1. Богачев В.В., Тотменин А.В., Барышев П.Б. и др. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1 субтипов А и В, выделенных на территории Новосибирской области // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. – 2012.- № 6. - С.45–52.

2. Вазкез де Парга Е., Рахманова А.Г., Перез-Альварез Л. и др. Анализ мутаций, связанных с лекарственной резистентностью, у нелеченных пациентов, зараженных различными генетическими формами ВИЧ 1 типа, распространенными в странах бывшего Советского Союза // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. – 2009. - № 1 (2). –С. 50–56.

3. Гашникова Н.М., Сафронов П.Ф., Никонорова Ю.В., Унагаева Н.В., Лаптева Т.А. Свойства изолятов CRF02_AG ВИЧ-11, циркулирующих на территории Новосибирской области // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. – 2011. - №3. – С. 38–43.

4. Дементьева Н.Е., Сизова Н.В., Лисицина З.Н., Маклакова В.А., Крутицкая Л.И., Беляков Н.А. Анализ субтипов и фармакорезистентных вариантов ВИЧ, циркулирующих среди ВИЧ-инфицированных пациентов Санкт-Петербурга // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. – 2011. - № 3(4). – С. 34–43.

5. Калачёва Г.А., Довгополюк Е.С., Мордык А.В. и др. Эпидемиологическая ситуация сочетанной патологии ВИЧ-инфекции, туберкулеза и наркомании в Сибирском федеральном округе // Сибирское медицинское обозрение. - 2011. - №6 (72). - C. 40-43.

6. Конькова-Рейдман А.Б., Селютина Л.И., Кузюкин Н.Н., Рухтина О.Л., Буланьков Ю.И. ВИЧинфекция в Южно-Уральском регионе России на современном этапе: анализ эпидемиологической ситуации и новые подходы к оценке эффективности системы противодействия эпидемии //Журнал инфектологии. - 2016. - Т. 7, №. 4. - С. 77-82.

7. Сандырева, Т. П., Герасимова, Н. А., Лопатухин, А. Э., Киреев, Д. Е., Куевда, Д. А., Шипулин, Г. А., Подымова, А. С. Филогенетический анализ в эпидемиологических расследованиях случаев ВИЧинфекции // Эпидемиология и инфекционные болезни. – 2014. - № 1. - С. 117-121.

8. Смольская Т.Т., Огурцова С.В. Обзор состояния эпидемии ВИЧ-инфекции в Северо-Западном федеральном округе РФ в 1987-2009 гг. // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. - 2011. - Т. 3, №. 1. - С. 27-36.

9. Справка Федерального научно-методического центра по профилактике и борьбе со СПИДом ФБУН Центральный НИИЭ Роспотребнадзора: ВИЧ-инфекция в Российской Федерации в 2018 году. - 4 с.

10. Справка Федерального научно-методического центра по профилактике и борьбе со СПИДом ФБУН Центральный НИИЭ Роспотребнадзора: ВИЧ-инфекция в Российской Федерации в 2019 году. – 4 с.

11. Стратегия ЮНЭЙДС, 2016.

12. Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR // AIDS Rev. – 2013. - №15(4). – С. 204–12.

13. Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeter M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature. Infect Genet Evol. 2016; 46: 150–158.

14. Montavon C, Vergne L, Bourgeois A., Mpoudi-Ngole E., Malonga-Mouellet G., Butel C. et al. Identification of a new circulating recombinant form of HIV type 1, CRF11-cpx, involving subtypes A, G, J, and CRF01-AE, in Central Africa. AIDS Res Hum Retroviruses. 2002; 18(3):231-6.

15. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Molecular Biology and Evolution. 2013; (30): 2725-29.

16. WHO Fact sheet. HIV/AIDS, 17 July 2019.