Monitoring of non-fermenting gram-negative bacteria isolated from patients suffering from pneumonia in hospitals of Khabarovsk city during COVID-19 pandemic (may 2020 – june 2022)
Abstract
Current research presents results of microbiological evaluation of 301 samples of non-fermenting Gram-negative bacteria (NGOB) isolated from 1740 patients suffering from pneumonia and underwent treatment in four hospitals of Khabarovsk city during COVID-19 pandemic (May 2020 – June 2022). Levels of bacterial shedding and pathogen structure as well as antimicrobial drug resistance of 15 NGOB. It was revealed that Acinetobacter baumannii (59.5%), Pseudomonas aeruginosa (21.6%) and Stenotrophomonas maltophilia (7.0%) were predominant in the structure of NGOB isolated during the period of observation. Other pathogens totaled 11.9%. High levels of carbapenem-resistant strains were detected.
About the Authors
A. O. Golubeva
FBUN Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of the Federal service for surveillance on consumers rights protection and human wellbeing (Rospotrebnadzor)
Russian Federation
Russian Federation
Khabarovsk
A. P. Bondarenko
FBUN Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of the Federal service for surveillance on consumers rights protection and human wellbeing (Rospotrebnadzor)
Russian Federation
Russian Federation
Khabarovsk
O. E. Trotsenko
FBUN Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of the Federal service for surveillance on consumers rights protection and human wellbeing (Rospotrebnadzor)
Russian Federation
Russian Federation
Khabarovsk
O. N. Ogienko
FBUN Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of the Federal service for surveillance on consumers rights protection and human wellbeing (Rospotrebnadzor)
Russian Federation
Russian Federation
Khabarovsk
References
1. Боронина Л.Г., Кукушкина М.П., Крутова К.В. и др. Род Chryseobacterium (Flavobacterium): клиническое значение, идентификация, чувствительность к антибиотикам // КМАХ. – 2003. – Т. 5, № 3. – С. 195-298.
2. Воронина О.Л., Кунда М.С., Рыжова Н.Н. и др. Разнообразие и опасность Achromobacter spp., поражающих дыхательные пути больных муковисцидозом // Пульмонология. – 2015. – Т. 25, № 4. – С. 389-402.
3. Воронина О.Л., Кунда М.С., Рыжова Н.Н. и др. Закономерности селекции полигостальных убиквитарных микроорганизмов на примере представителей трех таксонов // Молекулярная биология. – 2015. – Т. 49, № 3. – С. 430–441. DOI: 10.7868/S0026898415030179.
4. Воронина О.Л., Чернуха М.Ю., Шагинян И.А. и др. Характеристика генотипов штаммов Burkholderia cepacia complex, выделенных от больных в стационарах Российской Федерации // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. – 2013. – Т. 2. – С. 20–30.
5. Демиховская Е.В. Неферментирующие бактерии в аспекте множественной антибиотикорезистентности возбудителей внутрибольничных инфекций // Болезни и антибиотики. – 2012 г. – Т.1, № 6. – С. 1-6.
6. Зайцева В.Н., Рогачева Т.А., Анисько Л.А. и др. Анализ распространенности неферментирующих грамотрицательных бактерий и их резистентности к антимикробным препаратам // Клиническая инфектология и паразитология. – 2020. – Т. 9, № 2. – C. 151-160.
7. Красовский С.А., Никонова В.С., Каширская Н.Ю. и др. Клинико-генетическая, микробиологическая и функциональная характеристика больных муковисцидозом, проживающих в Москве и Московской области // Вопросы современной педиатрии. – 2013. – Т. 12, №1 . С – 24–30.
8. Махмутова В.Р., Гембицкая Т.Е., Черменский А.Г. и др. Мониторинг инфицирования и резистентности Achromobacter xylosoxidans у взрослых пациентов с муковисцидозом // РМЖ. Медицинское обозрение. – 2021. – Т.7. – С. 462-467.
9. Национальный консенсус (2-е изд-е) «Муковисцидоз: определение, диагностические критерии, терапия» / Под ред. Е.И. Кондратьевой, Н.Ю. Каширской, Н.И. Капранова. – 2018. – C. 47-52.
10. Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В. и др. Этиология внебольничных пневмоний в период эпидемического распространения COVID-19 и оценка риска возникновения пневмоний, связанных с оказанием медицинской помощи // Здоровье населения и среда обитания. – 2021. – Т. 29, №7. – С. 67-75. https://doi.org/10.35627/2219-5238/2021-29-7-67-75
11. Рекомендации МАКМАХ «Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам» Версия 2021-01.
12. Решедько Г.К., Рябкова Е.Л., Фаращук А.Н. и др. Неферментирущие грамотрицательные возбудители нозокомиальных инфекций в ОРИТ России: проблемы антибиотикорезистентности // КМАХ. – 2006. – Т. 8, №3. – С. 243-260.
13. Хасанова Г.Ф., Мавзютов А.Р., Мирсаяпова И.А. и др. Этиологическое значение и антибиотикочувствительность неферментирующих грамотрицательных бактерий в клинической практике // Медицинский вестник Башкортостана. – 2012. – Т. 7, № 1. – С. 63-65.
14. Чеботарь И.В., Бочарова Ю.А. Загадочный Achromobacter // КМАХ. – 2022. – Т. 24, №1. – С.4-13. DOI: 10.36488/cmac.2022.1.4-13.
15. Черненькая Т.В., Годков М.А. «Проблемные» полирезистентные бактерии — возбудители внутрибольничных инфекций у пациентов в критических состояниях (обзор литературы) // Журнал им. Н.В. Склифосовского «Неотложная медицинская помощь». – 2015. – Т.3. – С. 30-35.
16. Шагинян И.А., Чернуха М.Ю. Неферментирующие грамотрицательные бактерии в этиологии внутрибольничных инфекций: клинические, микробиологические и эпидемиологические особенности // Болезни и возбудители. – 2005. – Т. 7, № 3. – С. 271-285.
17. Asano K., Tada S., Matsumoto T. et al. A novel bacterium Achromobacter xylosoxidans as a cause of liver abscess: three case reports // J. Hepatol. – 2005. – Vol.43, № 2. – P. 362-365. DOI: 10.1016/j.jhep.2005.03.031.
18. Busse H.-J., Auling G. Achromobacter // In: Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. – 2015. – DOI: 10.1002/9781118960608.gbm00926.
19. Duggan J., Goldstein S., Chenoweth C. et al. Achromobacter xylosoxidans Bacteremia: Report of Four Cases and Review of the Literature // Clinical Infectious Diseases. – 1996. – Vol. 23, № 3. – P. 569–576. https://doi.org/10.1093/clinids/23.3.569.
20. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). Intrinsic Resistance and Unusual Phenotypes. Version 3.3, October 2021. – https://www.eucast.org/clinical_breakpoints, Accessed January 2022.
21. Frans de Baets F., Schelstraete P., van Daele S. et al. Achromobacter xylosoxidans in cystic fibrosis: prevalence and clinical relevance // J. Cyst. Fibros. – 2007. – Vol. 6, № 1. – P.75–78.
22. Gradon J.D, Mayer A.R., J. Hayes Pulmonary аbscess associated with Alcaligenes xylosoxidans in a patient with AIDS // Clin. Infec. Diseases. – 1993. – Vol. 17, №6. – P. 1071-1072.
23. Hansen C.R., Pressler T., Nielsen K.G. et al. Inflammation in Achromobacter xylosoxidans in fected cystic fibrosis patients // J. Cyst. Fibros. – 2010. – Vol.9, №1. – P. 51-58. DOI: 10.1016/j.jcf.2009.10.005.
24. Kanellopoulou M., Pournaras S., Iglezos H. et al. Persistent colonization of nine cystic fibrosis patients with an Achromobacter (Alcaligenes) xylosoxidans clone // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. – 2004. – Vol. 23, № 4. – P. 336–339.
25. Magni A., Trancassini M., Varesi P. et al. Achromobacter xylosoxidans Genomic Characterization and Correlation of Randomly Amplified Polymorphic DNA Profiles of Cystic Fibrosis Patients // J. Clin. Microbiol. – Vol. 48, № 4. – P. 1035 – 1039.
26. Marion-Sanchez K., Lion F., Olive C., et al. Mediastinitis superinfected by Achromobacter xylosoxidans. A case report // Journal of Infection and Chemotherapy. – 2018. – Vol. 24. – P. 987-989.
27. Marsac C., Berdah L., Thouvenin G. et al. Achromobacter xylosoxidans airway infection is associated with lung disease severity in children with cystic fibrosis // ERJ Open Research. – 2021. – Vol. 7, № 2. – P. 00076-2021. DOI:10.1183/23120541.00076-2021.
28. Morrison A.J., Boyes K. Peritonitis due to Alcaligenes denitrificans subsp. xylosoxydans: a clinical case and review of the literature // J. Clin. Microbiol. – 1986. – Vol. 24. – P. 879-881.
29. Peltroche-Llacsahuanga H., Haase G., Kentrup H. Persistent airway colonization with Alcaligenes xylosoxidans in two brothers with cystic fibrosis [letter] // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. – 1998. – Vol. 17, № 2 – P. 132–134.
30. Reverdy M.E., Freney J., Fleurette J. et al. Nosocomial colonization and infection by Achromobacter xylosoxidans // J. Clin. Microbiol. – 1984. – Vol.19, №2. – P. 140–143. – DOI: 10.1128/jcm.19.2.140-143.1984.
31. Ridderberg W., Bendstrup K.E., Olesen H.V. et al. Marked increase in incidence of Achromobacter xylosoxidans infections caused by sporadic acquisition from the environment // J. Cyst. Fibros. – 2011. – Vol. 10. – P. 466 – 469.
32. Ronin E., Derancourt C., Cabié A. Achromobacter spp. Surgical site infections: a systematic review of case reports and case series // Microorganisms. – 2021. – Vol.9, № 12. DOI: 10.3390/microorganisms9122471.
33. Sindhu S. Achromobacter meningitis in the newborn // J. Singapore Paediatr. Soc. – 1971. – Vol.13, №1. – P. 31-36.
34. Somayaji R., Stanojevic S., Tullis D.E. et al. Clinical outcomes associated with Achromobacter species infection in patients with cystic fibrosis //Annals of the American Thoracic Society. – 2017. – Vol. 4, № 9. – P. 1412-1418 DOI: 10.1513/AnnalsATS.201701-071OC.
35. Swenson C.E., Sadikot R.T. Achromobacter respiratory infections // Annals of the American Thoracic Society. – 2015. – Vol.12. – P. 252-258. DOI: 10.1513/AnnalsATS.201406-288FR.
36. The Main Site PubMLST of the Faculty of Zoology. Great Britain, Oxford: Oxford of University. https://pubmlst.org/bigsdb?db=pubmlst_achromobacter_isolates
37. Trancassini M., Iebba V., Citera N. et al. Outbreak of Achromobacter xylosoxidans in an Italian Cystic fibrosis center: genome variability, biofilm production, antibiotic resistance, and motility in isolated strains // Front. Microbiol. – 2014. – Vol. 5. – P. 138.
38. Yabuuchi E., Yano I. Achromobacter gen. nov. and Achromobacter xylosoxidans (ex Yabuuchi and Ohyama 1971) norn. rev // Int. J. Syst. Bacteriol. – 1981. – Vol. 31, № 4. – P. 477–478.
Review
For citations:
Golubeva A.O., Bondarenko A.P., Trotsenko O.E., Ogienko O.N. Monitoring of non-fermenting gram-negative bacteria isolated from patients suffering from pneumonia in hospitals of Khabarovsk city during COVID-19 pandemic (may 2020 – june 2022). Far Eastern Journal of Infectious Pathology. 2022;(43):40-50. (In Russ.)
Views:
16
Email this article 