CHARACTERISTIC MUTATIONS OF SARS-COV-2 IN PRIMORSKY KRAI DURING 2020- 2024 (SHORT COMMUNICATION)
https://doi.org/10.62963/2073-2899-2024-47-33-35
Abstract
Mutations in the amino acid sequences of the spike protein were analyzed in 16 SARS-CoV-2 virus strains isolated in Primorsky Krai in 2020-2024. The analysis showed the presence of 1 to 40 amino acid substitutions, deletions or insertions. All samples had both typical mutations for their lines and atypical, rare mutations. Analysis of atypical mutations showed that there was a relative diversity of individual mutations in the spike protein for Wuhan variant, which is typical for the stage of epidemic transformation of the virus population. For Delta and Omicron variants, relative homogeneity was observed even among atypical mutations, which is typical for the phase of epidemic spread of the virus.
About the Authors
A. A. Belik
G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology, Russian Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing;
Far Eastern Federal University
Russian Federation
Russian Federation
Vladivostok
L. M. Semeikina
Far Eastern Federal University;
Center for Hygiene and Epidemiology in Primorsky krai
Russian Federation
Russian Federation
Vladivostok
N. V. Krylova
G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology, Russian Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing;
Far Eastern Federal University
Russian Federation
Russian Federation
Vladivostok
M. Yu. Shchelkanov
G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology, Russian Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing;
Far Eastern Federal University
Russian Federation
Russian Federation
Vladivostok
References
1. Грибова В.В., Окунь Д.Б., Шалфеева Е.А. и др. Облачный сервис для дифференциальной клинической диагностики острых респираторных вирусных заболеваний (в том числе – связанных с особо опасными коронавирусами) методами искусственного интеллекта // Якутский медицинский журнал. – 2020. - № 2. – С. 44-47.
2. Колобухина Л.В., Меркулова Л.Н., Малышев Н.А. и др. Стратегия ранней противовирусной терапии при гриппе как профилактика тяжёлых осложнений // Пульмонология. Приложение. – 2010. - № 1. – С. 9-14.
3. Колобухина Л.В., Меркулова Л.Н., Щелканов М.Ю. и др. Первый опыт применения препарата Ингавирин при лечении больных гриппом, вызванным новым пандемическим вирусом А / H1N1 // Consilium Medicum. – 2009. – Т. 11, № 11. – С. 83-86.
4. Никифоров В.В., Колобухина Л.В., Сметанина С.В. и др. Новая коронавирусная инфекция (COVID-19): этиология, эпидемиология, клиника, диагностика, лечение и профилактика. Методическое пособие. -М.: Департамент здравоохранения города Москвы, 2020. - 71 с.
5. Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В. и др. Генотипический портрет SARS-CoV-2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. – 2024. – Т. 101, № 1. – С. 19-35.
6. Пульмонология. Национальное руководство / Ред.: А.Г. Чучалин. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2013. - 800 с.
7. Щелканов М.Ю. Этиология COVID-19 / В кн.: COVID-19: от этиологии до вакцинопрофилактики. Руководство для врачей. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2023. – С. 11-53.
8. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? // Тихоокеанский медицинский журнал. – 2015. - № 2. – С. 94-98.
9. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май-июль 2015 г.): причины, динамика, выводы // Тихоокеанский медицинский журнал. – 2015. - № 3. – С. 89-93.
10. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Бургасова О.А. и др. COVID-19: этиология, клиника, лечение // Инфекция и иммунитет. – 2020. – Т. 10, № 3. – С. 421-445.
11. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности // Лечащий врач. – 2013. - № 10. – С. 49-54.
12. Щелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г. и др. История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales:Coronaviridae) // Инфекция и иммунитет. – 2020. – Т. 10, № 2. – С. 221-246.
13. Aksamentov I., Roemer C., Hodcroft E.B., Neher R.A. Nextclade: clade assignment, mutation calling and quality control for viral genomes // J. Open Source Soft. – 2021. – V. 6, N 67. – P. 3773.
14. Gangavarapu K., Latif A.A., Mullen J.L., et al. Outbreak.info genomic reports: scalable and dynamic surveillance of SARS-CoV-2 variants and mutations // Nat. Methods. – 2023. – V. 20, N 4. – P. 512-522.
15. Rose R., Golosova O., Sukhomlinov D., et al. Flexible design of multiple metagenomics classification pipelines with UGENE // Bioinformatics. – 2019. – V. 35, N 11. – P. 1963-1965.
16. Suryadevara N., Shrihari S., Gilchuk P., et al. Neutralizing and protective human monoclonal antibodies recognizing the N-terminal domain of the SARS-CoV-2 spike protein // Cell. – 2021. – V. 184, N 9. – P. 2316-2331.
17. Tamura T., Ito J., Uriu K., et al. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 XBB variant derived from recombination of two Omicron subvariants // Nat. Commun. – 2023. – V. 14, N 1. – P. 2800.
18. Wang Q., Iketani S., Li Z., et al. Alarming antibody evasion properties of rising SARS-CoV-2 BQ and XBB subvariants // Cell. – 2023. – V. 186, N 2. – P. 279-286.
19. Wu C.R., Yin W.C., Jiang Y., Xu H.E. Structure genomics of SARS-CoV-2 and its Omicron variant: drug design templates for COVID-19 // Acta Pharmacol. Sin. – 2022. – V. 43, N 12. – P. 3021-3033.
20. Zhang Q., Xiang R., Huo S., et al. Molecular mechanism of interaction between SARS-CoV2 and host cells and interventional therapy // Signal Transduct. TargetTher. – 2021. – V. 6, N 1. - P. 233.
Review
For citations:
Belik A.A., Semeikina L.M., Krylova N.V., Shchelkanov M.Yu. CHARACTERISTIC MUTATIONS OF SARS-COV-2 IN PRIMORSKY KRAI DURING 2020- 2024 (SHORT COMMUNICATION). Far Eastern Journal of Infectious Pathology. 2024;(47):33-35. (In Russ.) https://doi.org/10.62963/2073-2899-2024-47-33-35
Views:
17
Email this article 