К РЕВИЗИИ ГЕНОТИПИЧЕСКОЙ СТРУКТУРЫ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА (ORTHOFLAVIVIRUS ENCEPHALITIDIS)

Целью настоящего исследования было изучение топологической структуры дендрограммы иерархических отношений для полногеномных нуклеотидных последовательностей штаммов вируса клещевого энцефалита, представленных в международной базе молекулярно-генетических данных в GenBank. Все штаммы этого вируса подразделяются на шесть генотипов в соответствие с современной номенклатурой: дальневосточный, сибирский, европейский (исторические), байкальский, гималайский, 178–79. Чётко выделяются два суперкластера: первый полностью совпадает с европейским генотипом, а второй включает все остальные генотипы, однако по критерию топологической компактности его ядром является дальневосточный генотип, который и должен претендовать на обобщающее название второго кластера. Полученные данные свидетельствуют о необходимости масштабной ревизии генотипической структуры вируса клещевого энцефалита. 

1. Гайворонская А.Г., Галицкая М.Г., Намазова-Баранова Л.С. Этиология, клинические проявления, лечение и профилактика клещевого энцефалита // Педиатрическая фармакология. 2013; 10(2): 34-39.

2. Запорожец Т.С., Беседнова Н.Н., Калинин А.В. и др. 80 лет на страже биологической безопасности у восточных рубежей России // Здоровье населения и среда обитания. 2021; (5): 5-15. DOI: 10.35627/2219-5238/2021-338-5-5-15

3. Злобин В.И., Рудаков Н.В., Малов И.В. Клещевые трансмиссивные инфекции. Новосибирск: Наука, 2015; 228 с.

4. Карташов М.Ю., Микрюкова Т.П., Кривошеина Е.И. и др. Генотипирование возбудителей клещевого энцефалита и лихорадки Кемерово в таёжных клещах, собранных в республике Коми // Инфекции и иммунитет. 2020; 10(1): 159-166. DOI: 10.15789/2220-7619-GOT-1147

5. Коренберг Э.И. Биохорологическая структура вида (на примере таёжного клеща). М.: Наука, 1979; 171 с.

6. Коренберг Э.И., Помелова В.Г., Осин Н.С. Природноочаговые инфекции, передающиеся иксодовыми клещами. М.: Комментарий, 2013; 464 с. 7. Локтев В.Б. Вирус клещевого энцефалита. Генетические особенности и его изменчивость в современном мире // Бюллетень СО РАМН. 2007; 4(126): 14-21.

7. Львов Д.К., Дерябин П.Г., Аристова В.А. и др. Атлас распространения возбудителей природноочаговых вирусных инфекций на территории Российской Федерации. М.: Изд-во НПЦ ТМГ МЗ РФ, 2001; 192 с.

8. Львов Д.К., Альховский С.В., Щелканов М.Ю. и др. Генетическая характеристика вируса Повассан (POWV – Powassan virus), изолированного от клещей Haemaphysalis longicornis в Приморском крае, и двух штаммов вируса клещевого энцефалита (Flaviviridae, Flavivirus): Алма-Арасан (AAV – Alma-Arasan virus), изолированного от клещей Ixodes persulcatus в Казахстане, и Малышево (MALOV – Malyshevo virus), изолированного от комаров Aedes vexans nipponii в Хабаровском крае // Вопросы вирусологии. 2014; 59(5): 18-22.

9. Лубова В.А., Леонова Г.Н., Шутикова А.Л. Роль иксодовых клещей в циркуляции возбудителей клещевых инфекций на юге Дальнего Востока // Экология человека. 2020; 27(2): 58-64. DOI: 10.33396/1728-0869-2020-2-58-64

10. Ляпина О.В., Громашевский В.Л., Прилипов А.Г. Организация генома вируса Карши (штамм LEIV-2247 UZ) и его филогенетические взаимоотношения с представителями рода Flavivirus // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2006; (4): 35-40.

11. Медицинская вирусология / Ред.: академик Д.К. Львов. М.: МИА, 2008; 655 с.

12. Попов И.В., Харит С.М. Клещевой энцефалит: этиология, вакцинация, профилактика // Terra Medica. 2011; (1):15-19.

13. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных / Ред.: академик Д.К. Львов. М.: МИА, 2013; 1200 с.

14. Шутикова А.Л., Лубова В.А., Щелканов М.Ю. Генетическая характеристика штаммов вируса клещевого энцефалита из коллекции НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. Сомова Роспотребнадзора // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2023; (45): 148-150.

15. Щелканов М.Ю., Громашевский В.Л., Львов Д.К. Роль эколого-вирусологического районирования в прогнозировании влияния климатических изменений на ареалы арбовирусов // Вестник РАМН. 2006; (2): 22-25.

16. Щелканов М.Ю., Львов Д.К. Экология: история становления основных концепций // В сб.: Новые и возвращающиеся инфекции в системе биобезопасности Российской Федерации. М.: Изд-во Первого МГМУ им. И.М. Сеченова, 2014; 6-20.

17. Щелканов М.Ю., Аристова В.А., Чумаков В.М., Львов Д.К. Историография термина «природный очаг» // В сб.: Новые и возвращающиеся инфекции в системе биобезопасности Российской Федерации. М.: Изд-во Первого МГМУ им. И.М. Сеченова, 2014; 21-32.

18. Щелканов М.Ю., Леонова Г.Н., Галкина И.В., Андрюков Б.Г. У истоков концепции природной очаговости // Здоровье населения и среда обитания. 2021; (5): 16-25. DOI: 10.35627/2219-5238/2021-338-5-16-25

19. Щучинова Л.Д., Щучинов Л.В., Деева А.А., Злобин В.И. Случаи заражения клещевым энцефалитом через непастеризованное молоко коз // Национальные приоритеты России. 2016; 2(20): 72-75.

20. Dai X., Shang G., Lu S., et al. A new subtype of eastern tick-borne encephalitis virus discovered in Qinghai-Tibet Plateau, China // Emerging Microbes & Infections. 2018. 7(1): 1-9. DOI: 10.1038/s41426-018-0081-6

21. Herzig R., Patt C.M., Prokes T. An uncommon severe clinical course of European tick-borne encephalitis // Biomedical Papers. 2002; 146(2): 63-67. DOI: 10.5507/bp.2002.013

22. Khotimchenko Yu.S., Shchelkanov M.Yu. Viruses of the Ocean: On the shores of the aqua incognita. Horizons of taxonomic diversity // Rus. J. Marine Biol. 2024; 50: 1-24. DOI: 10.1134/S106307402401005X

23. Kovalev S.Y., Mukhacheva T.A. Reconsidering the classification of tick-borne encephalitis virus within the Siberian subtype gives new insights into its evolutionary history // Infection, Genetics and Evolution. 2017; 55: 159-165. DOI: 10.1016/j.meegid.2017.09.014

24. Lvov D.K., Shchelkanov M.Yu., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic viruses of Northern Eurasia. Taxonomy and Ecology. Academic Press, 2015; 452 p.

25. Mansfield K.L., Johnson N., Phipps L.P., et al. T Tick-borne encephalitis virus – a review of an emerging zoonosis // Journal of General Virology. 2009; 90(8): 1781-1794. DOI: 10.1099/vir.0.011437-0

26. Wahlberg P., Saikku P., Brummer-Korvenkontio M. Tick-borne viral encephalitis in Finland: the clinical features of Kumlinge disease during 1959-1987 // J. Intern. Med. – 1989; 225: 173-177.

27. Zhang M., Tian J., Li H., Cang M. The comparative genomic analysis provides insights into the phylogeny and virulence of tick-borne encephalitis virus vaccine strain Senzhang // PLoS ONE. 2022; 17(8): e0273565. DOI: 10.1371/journal.pone.0273565