FOR THE REVISION OF THE GENOTYPIC STRUCTURE OF THE TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS (ORTHOFLAVIVIRUS ENCEPHALITIDIS)

The purpose of this study was to study the topological structure of the dendrogram of hierarchical relationships for the complete genome nucleotide sequences of tick-borne encephalitis virus strains presented in the international database of molecular genetic information (GenBank). All strains of this virus are divided into six genotypes in accordance with modern nomenclature: Far Eastern, Siberian, European (historical), Baikal, Himalayan, 178-79. Two superclusters are clearly distinguished: the first one completely coincides with the European genotype while the second one includes all other genotypes. However, according to the criterion of topological compactness, its core is the Far Eastern genotype, which should claim the generalizing name of the second cluster. The data obtained indicate the need for a large-scale revision of the genotypic structure of the tick-borne encephalitis virus.

1. Гайворонская А.Г., Галицкая М.Г., Намазова-Баранова Л.С. Этиология, клинические проявления, лечение и профилактика клещевого энцефалита // Педиатрическая фармакология. 2013; 10(2): 34-39.

2. Запорожец Т.С., Беседнова Н.Н., Калинин А.В. и др. 80 лет на страже биологической безопасности у восточных рубежей России // Здоровье населения и среда обитания. 2021; (5): 5-15. DOI: 10.35627/2219-5238/2021-338-5-5-15

3. Злобин В.И., Рудаков Н.В., Малов И.В. Клещевые трансмиссивные инфекции. Новосибирск: Наука, 2015; 228 с.

4. Карташов М.Ю., Микрюкова Т.П., Кривошеина Е.И. и др. Генотипирование возбудителей клещевого энцефалита и лихорадки Кемерово в таёжных клещах, собранных в республике Коми // Инфекции и иммунитет. 2020; 10(1): 159-166. DOI: 10.15789/2220-7619-GOT-1147

5. Коренберг Э.И. Биохорологическая структура вида (на примере таёжного клеща). М.: Наука, 1979; 171 с.

6. Коренберг Э.И., Помелова В.Г., Осин Н.С. Природноочаговые инфекции, передающиеся иксодовыми клещами. М.: Комментарий, 2013; 464 с. 7. Локтев В.Б. Вирус клещевого энцефалита. Генетические особенности и его изменчивость в современном мире // Бюллетень СО РАМН. 2007; 4(126): 14-21.

7. Львов Д.К., Дерябин П.Г., Аристова В.А. и др. Атлас распространения возбудителей природноочаговых вирусных инфекций на территории Российской Федерации. М.: Изд-во НПЦ ТМГ МЗ РФ, 2001; 192 с.

8. Львов Д.К., Альховский С.В., Щелканов М.Ю. и др. Генетическая характеристика вируса Повассан (POWV – Powassan virus), изолированного от клещей Haemaphysalis longicornis в Приморском крае, и двух штаммов вируса клещевого энцефалита (Flaviviridae, Flavivirus): Алма-Арасан (AAV – Alma-Arasan virus), изолированного от клещей Ixodes persulcatus в Казахстане, и Малышево (MALOV – Malyshevo virus), изолированного от комаров Aedes vexans nipponii в Хабаровском крае // Вопросы вирусологии. 2014; 59(5): 18-22.

9. Лубова В.А., Леонова Г.Н., Шутикова А.Л. Роль иксодовых клещей в циркуляции возбудителей клещевых инфекций на юге Дальнего Востока // Экология человека. 2020; 27(2): 58-64. DOI: 10.33396/1728-0869-2020-2-58-64

10. Ляпина О.В., Громашевский В.Л., Прилипов А.Г. Организация генома вируса Карши (штамм LEIV-2247 UZ) и его филогенетические взаимоотношения с представителями рода Flavivirus // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2006; (4): 35-40.

11. Медицинская вирусология / Ред.: академик Д.К. Львов. М.: МИА, 2008; 655 с.

12. Попов И.В., Харит С.М. Клещевой энцефалит: этиология, вакцинация, профилактика // Terra Medica. 2011; (1):15-19.

13. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных / Ред.: академик Д.К. Львов. М.: МИА, 2013; 1200 с.

14. Шутикова А.Л., Лубова В.А., Щелканов М.Ю. Генетическая характеристика штаммов вируса клещевого энцефалита из коллекции НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. Сомова Роспотребнадзора // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2023; (45): 148-150.

15. Щелканов М.Ю., Громашевский В.Л., Львов Д.К. Роль эколого-вирусологического районирования в прогнозировании влияния климатических изменений на ареалы арбовирусов // Вестник РАМН. 2006; (2): 22-25.

16. Щелканов М.Ю., Львов Д.К. Экология: история становления основных концепций // В сб.: Новые и возвращающиеся инфекции в системе биобезопасности Российской Федерации. М.: Изд-во Первого МГМУ им. И.М. Сеченова, 2014; 6-20.

17. Щелканов М.Ю., Аристова В.А., Чумаков В.М., Львов Д.К. Историография термина «природный очаг» // В сб.: Новые и возвращающиеся инфекции в системе биобезопасности Российской Федерации. М.: Изд-во Первого МГМУ им. И.М. Сеченова, 2014; 21-32.

18. Щелканов М.Ю., Леонова Г.Н., Галкина И.В., Андрюков Б.Г. У истоков концепции природной очаговости // Здоровье населения и среда обитания. 2021; (5): 16-25. DOI: 10.35627/2219-5238/2021-338-5-16-25

19. Щучинова Л.Д., Щучинов Л.В., Деева А.А., Злобин В.И. Случаи заражения клещевым энцефалитом через непастеризованное молоко коз // Национальные приоритеты России. 2016; 2(20): 72-75.

20. Dai X., Shang G., Lu S., et al. A new subtype of eastern tick-borne encephalitis virus discovered in Qinghai-Tibet Plateau, China // Emerging Microbes & Infections. 2018. 7(1): 1-9. DOI: 10.1038/s41426-018-0081-6

21. Herzig R., Patt C.M., Prokes T. An uncommon severe clinical course of European tick-borne encephalitis // Biomedical Papers. 2002; 146(2): 63-67. DOI: 10.5507/bp.2002.013

22. Khotimchenko Yu.S., Shchelkanov M.Yu. Viruses of the Ocean: On the shores of the aqua incognita. Horizons of taxonomic diversity // Rus. J. Marine Biol. 2024; 50: 1-24. DOI: 10.1134/S106307402401005X

23. Kovalev S.Y., Mukhacheva T.A. Reconsidering the classification of tick-borne encephalitis virus within the Siberian subtype gives new insights into its evolutionary history // Infection, Genetics and Evolution. 2017; 55: 159-165. DOI: 10.1016/j.meegid.2017.09.014

24. Lvov D.K., Shchelkanov M.Yu., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic viruses of Northern Eurasia. Taxonomy and Ecology. Academic Press, 2015; 452 p.

25. Mansfield K.L., Johnson N., Phipps L.P., et al. T Tick-borne encephalitis virus – a review of an emerging zoonosis // Journal of General Virology. 2009; 90(8): 1781-1794. DOI: 10.1099/vir.0.011437-0

26. Wahlberg P., Saikku P., Brummer-Korvenkontio M. Tick-borne viral encephalitis in Finland: the clinical features of Kumlinge disease during 1959-1987 // J. Intern. Med. – 1989; 225: 173-177.

27. Zhang M., Tian J., Li H., Cang M. The comparative genomic analysis provides insights into the phylogeny and virulence of tick-borne encephalitis virus vaccine strain Senzhang // PLoS ONE. 2022; 17(8): e0273565. DOI: 10.1371/journal.pone.0273565