ABUNDANCE OF HIV-1 GENOVARIANTS IN THE WORLD AND IN THE RUSSIAN FEDERATION (LITERATURE REVIEW)
Abstract
Current literature review presents main data on abundance of different HIV genovariants according to molecular-epidemiological research conducted in world and in the Russian Federation. Modern HIV-infection epidemic distinctive features are frequent identification of new and recently unknown or rare genetic variants of HIV-1 such as subtypes C and D, HIV-1 recombinant forms (CRF 02_AG, CRF 63_02 A1, CRF 03_AB, CRF 01_AE, CRF06_cpx) in some regions of the Russian Federation (Kaliningrad, Siberia), Southeast Asian nations and Central Asian countries (Tajikistan, Turkmenistan and other) and Africa.
About the Authors
V. O. Kotova
FBIS Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of Rospotrebnadzor (Federal service for surveillance on consumers rights protection and human wellbeing)
Russian Federation
Russian Federation
Khabarovsk
O. E. Trotsenko
FBIS Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of Rospotrebnadzor (Federal service for surveillance on consumers rights protection and human wellbeing)
Russian Federation
Russian Federation
Khabarovsk
L. A. Balakhonseva
FBIS Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of Rospotrebnadzor (Federal service for surveillance on consumers rights protection and human wellbeing)
Russian Federation
Russian Federation
Khabarovsk
E. A. Bazykina
FBIS Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of Rospotrebnadzor (Federal service for surveillance on consumers rights protection and human wellbeing)
Russian Federation
Russian Federation
Khabarovsk
References
1. Беляков Н.А., Рахманова А.Г. Вирус иммунодефицита человека — медицина. 2-е издание. СПб.: Балтийский медицинский образовательный центр. 2011. 656 с.
2. Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М., Ладная Н.Н., Бобкова М.Р., Кравченко А.В., Покровский В.В. Субтипы ВИЧ-1 в России в 1987–1998 гг. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1999. № 1. С. 43–45.
3. Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р. и др. Молекуляpно-генетическая характеристика ВИЧ-1 на территории России // Вестник Российской академии медицинских наук. 2002. № 8. — С. 40–42.
4. Бобкова М.Р. Лекарственная устойчивость ВИЧ. М.: Человек. 2014. 288 с.
5. Богачев В.В., Тотменин А.В., Барышев П.Б., Мещерякова Ю.В., Черноусова Н.Я., Гашникова Н.М. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1 субтипов А и В, выделенных на территории Новосибирской области // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. – 2012. №6. С.45–52.
6. Вазкез де Парга Е., А. Г. Рахманова А.Г., Перез-Альварез Л., Виноградова А.Н., Дельгадо Е., Томсон М. и др. Анализ мутаций, связанных с лекарственной резистентностью, у нелеченных пациентов, зараженных различными генетическими формами ВИЧ 1 типа, распространенными в странах бывшего Советского Союза // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. – 2009. Т1, №2. – С.50–56.
7. Гашникова Н.М., Сафронов П.Ф., Никонорова Ю.В., Унагаева Н.В., Лаптева Т.А. Свойства изолятов CRF02_AG ВИЧ-11, циркулирующих на территории Новосибирской области //Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. – 2011. №3. С.38–43.
8. Дементьева Н.Е., Сизова Н.В., Лисицина З.Н. и др. Анализ субтипов и фармакорезистентных вариантов ВИЧ, циркулирующих среди ВИЧ-инфицированных пациентов Санкт-Петербурга // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2011. Т. 3, № 4. С. 34–43.
9. Казеннова, Е.В., Бобков А.Ф. Подтипы вируса иммунодефицита человека 1 типа: классификация, происхождение и распространение в Европе // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. – 2003. – № 1. – С.90-96.
10. Казеннова Е.В., Бронникова А.В., Кузин С.Н., Кириллова И.Л., Ершова О.Н., Афанасьева Л.Р. и др. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в г. Череповце Вологодской области: второй случай эпидемической вспышки, вызванной рекомбинантом gagA envB // Вопросы вирусологии. – 2008. Т.53, №5. С.23-27.
11. Казеннова Е.В., Лаповок И.А., Васильев А.В. и др. Проблемы субтипирования ВИЧ-1на основе анализа гена pol и способы их разрешения // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2010. – Т.2, №3. С. 42–48.
12. Казеннова Е.В., Антонова О.В., Кузин С.Н., Серкина Е.П., Соколова С.С., Васильев А.В., Лаповок И.А., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологическое исследование распространения ВИЧ1 не территории Республики Саха (Якутия) // Вопросы вирусологии. 2011, Т.56, №5. С.30-34.
13. Казеннова Е.В., Нешумаев Д.А., Рукавицин Д.В., Лаповок И.А., Лага В.Ю., Ракчеева О.В. и др. Молекулярно-эпидемиологический анализ эпидемии ВИЧ-инфекции в Благовещенске и Хабаровске (Дальний Восток России) // Вопросы вирусологии. – 2014. Т.59. С. 31-33.
14. Котова В.О., Балахонцева Л.А., Троценко О.Е. Анализ лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в регионах Дальневосточного федерального округа // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. – 2016. – Т.8. – N 3. – С. 53-58.
15. Котова В.О., Троценко О.Е., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А., Янович О.А., Щиканов Ю.В., Павлова М.Н., Шмакова Т.И. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории Еврейской автономной области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2018. – Т.10, №4. С. 90-99.
16. Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И.А., Исмаилова А. и др. Молекулярногенетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, распространенных на территории Киргизии // Вопросы вирусологии, 2012. – Т.57, №5. – С.26-32.
17. Справка Федерального научно-методического центра по профилактике и борьбе со СПИДом ФБУН Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора «ВИЧ-инфекция в Российской Федерации в 2018 г.».
18. Туманов А.С., Казеннова Е.В., Громов, К.Б., Ломакина Е.А., Зозуля Е.Ю., Берсенев П.Г., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-инфекции в Сахалинской области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. – 2017. – Т.9. – N 3. – стр. 113-120.
19. Arien K.K., Vanham G., Arts E.J. Is HIV-1 evolving to a less virulent for min humans? //Nat Rev Microbiol. – 2007. Vol.5, №.2. – P.141–151.
20. Ayouba A., Mauclere P., Martin PM, Cunin P., Mfoupouendoun J. et al. HIV-1 group O infection in Cameroon, 1986 to 1998 // Emerg Infect Dis. – 2001. – Vol.7, №3. Р.466–467.
21. Barin F., Cazein F., Lot F., Pillonel J., Brunet S. et al. Prevalence of HIV-2 and HIV-1 group O infections among new HIV diagnoses in France: 2003–2006 //AIDS. 2007. 21(17). – Р.2351–2353.
22. Baryshev P. B., Bogachev V. V., Gashnikova N. M. Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia //Arch. Virol. – 2012. – Vol.157, №12. – Р.2335– 2341.
23. Bobkov A., Kazennova E., Selimova L., Bobkova M., Khanina T., Ladnaya N., et al. A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: Identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants. AIDS Res // Hum. Retroviruses. – 1998. – Vol.14, №8. – Р.669676.
24. Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR //AIDS Rev. 2013. – Vol.15, №4. Р.204–212.
25. Boni J., Pyra H., Gebhardt M., Perrin L., Burgisser P., Matter L. et al. High frequency of non-B subtypes in newly diagnosed HIV-1 infections in Switzerland //J Acquir Immune Defic Syndr. – 1999. – Vol.22. – P.174–179.
26. Cazein F., Lot F., Pillonel J. et al. HIV and AIDS surveillance in France, 2006 //Bull Epidemiol Hebd. 2007(46-47). – Р.386-393.
27. Chow W.Z., Takebe Y., Syafina N.E., Prakasa M.S., Chan K.G., Abed Al-Darraji H.A., Koh C., Kamarulzaman A., Tee K.K. A newly emerging HIV-1 recombinant lineage (CRF58_01B) disseminating among people who inject drugs in Malaysia // PLoSONE, 2014. Vol.9, N 1: e85250.
28. De Cock KM, Brun-Vezinet F. Epidemiology of HIV-2 infection //AIDS. – 1989.-3 (Suppl. 1) Р.89-95. (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2514761 ).
29. Delgado, E., Thomson M.M., Villahermosa M.L., Sierra M., Ocampo A., Miralles C. et al. Identification of a newly characterized HIV-1 BG intersubtype circulating recombinant form in Galicia, Spain, which exhibits a pseudotype-like virion structure // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. – 2002. Vol.29. P.536-543.
30. Esteves A., Parreira R., Venenno T., Franco M., Piedade J., Germano de Sousa J. et al. Molecular epidemiology of HIV type 1 infection in Portugal: high prevalence of non-B subtypes //AIDS Res Hum Retroviruses. – 2002. Vol.18. P.313–325.
31. Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeter M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature // Infect Genet Evol. – 2016. Vol.46. P. 150–158.
32. Fransen K., Buve A., Nkengasong JN, Laga M., van der Groen G. Longstanding presence in Belgians of multiple non-B HIV-1 subtypes // Lancet. – 1996. – Vol.347. P.1403.
33. Heitzinger K., Sow P.S., Dia Badiane N.M, et al. Trends of HIV-1, HIV-2, and dual infection in women attending outpatient clinics in Senegal, 1990-2009 // Int J STD AIDS. – 2012. – Vol.23, №10. Р.710-716.
34. Hemelaar J. Implications of HIV diversity for the HIV-1 pandemic // Journal of Infections. – 2013. – Vol.66. P.391–400.
35. Hemelaar J., Elangovan R., Yun J., Dickson-Tetteh L., Fleminger I., Kirtley S., Williams B. et al. Global and regional molecular epidemiology of HIV-1, 1990-2015: a systematic review, global survey, and trend analysis //Lancet Infect Dis. – 2019. Vol.19, №2. – P.143-155.
36. Korber B., Theiler J., Wolinsky S. Limitations of a molecular clock applied to considerations of the origin of HIV-1 //Science. – 1998. Vol.280 (5371). – P.1868-1871.
37. Los Alamos Database. HIV Circulating Recombinant Forms (CRFs). https://http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/HIV/CRFs/CRFs.html. Accessed 2019 April.
38. Murphy E., Korber B., Georges-Courbot MC, You B., Pinter A., Cook D. et al. Diversity of V3 region sequences of human immunodeficiency viruses type 1 from the central African Republic //AIDS Res Hum Retroviruses. – 1993. Vol.9. – P.997–1006.
39. Nyamweya S., Hegedus A., Jaye A., Rowland-Jones S., Flanagan K. L., Macallan D. C. Comparing HIV-1 and HIV-2 infection: Lessons for viral immunopathogenesis // Reviews in medical virology. — 2013. — Vol. 23, №. 4. — P. 221—240.
40. Robertson D.L., Anderson J.P., Bradac J.A. et al. HIV-1 nomenclature proposal // Science. – 2000. – Vol. 288 – №. 5463. – P. 55–56.
41. Sharman A. Acquired immune deficiency syndrome: Akademija profilakticheskoj mediciny. NeiroNex, Bethesda, MD, USA. 2006. – P.89-91.
42. Takehisa J., Kraus M.H., Ayouba A., Bailes E. et al. Origin and biology of simian immunodeficiency virus in wild-living western gorillas // J. Virol. 2009. Vol. 83, № 4. P.1635–1648.
43. Tebit, D. M. Tracking a century of global expansion and evolution of HIV to drive understanding and to combat disease //Lancet Infect Dis. – 2011. -Vol.11, №1. P.45–56.
44. Thomson, M. M., Delgado E., Manjon N., Ocampo A., Villahermosa M.L., Mariño A. et al. HIV-1 genetic diversity in Galicia, Spain: BG intersubtype recombinant viruses circulating among injecting drug users // AIDS. 2001. – Vol.15. P.509-516.
45. Vallari A., Bodelle P., Ngansop C., Makamche F., Ndembi N. et al. Four new HIV-1 group N isolates from Cameroon: Prevalence continues to be low //AIDS Res Hum Retroviruses. – 2010. Vol.26, №1. Р.109–115.
46. Vallari A., Holzmayer V., Harris B., Yamaguchi J., Ngansop C. et al. (2011) Confirmation of putative HIV-1 group P in Cameroon // J Virol. – 2011. – 85. – Р.1403–1407.
47. Vallet S., Legrand-Quillien MC, Roger C., Bellein V., Perfezou P., de Saint-Martin L. et al. HIV-1 genetic diversity in Western Brittany, France // FEMS Immunol Med Microbiol. – 2002. – Vol.34, P.65–71.
48. Vidal N., Peeters M., Mulanga-Kabeya C., Nzilambi N., Robertson D., Ilunga W. et al. Unprecedented degree of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) group M genetic diversity in the Democratic Republic of Congo suggests that the HIV-1 pandemic originated in Central Africa // J Virol. – 2000. –Vol.74. P.10498–10507.
49. World Health Organization. Global report: UNAIDS report on the global AIDS epidemic 2017. [Electronic resource]. Available from: (http://www.unaids.org/en/resources/documents/2018/unaids-data2018 ).
Review
For citations:
Kotova V.O., Trotsenko O.E., Balakhonseva L.A., Bazykina E.A. ABUNDANCE OF HIV-1 GENOVARIANTS IN THE WORLD AND IN THE RUSSIAN FEDERATION (LITERATURE REVIEW). Far Eastern Journal of Infectious Pathology. 2019;(36):98-103. (In Russ.)
Views:
5
Email this article 