Characteristics of Candida spp. fungi isolated from patients with pneumonia in the Khabarovsk krai during the period of new coronavirus disease pandemic (may 2020 – june 2022)

Scientists’ attention during the new coronavirus disease pandemic is riveted to the role of pathogenic and opportunistic fungi prevalence in human pathology. Objective of the study was to establish species composition, levels of shedding and resistance to antimycotic drugs of Candida spp. isolated from patients with pneumonia during the pandemic of a new coronavirus infection. Candida spp species composition, frequency of shedding, sample contamination severity and susceptibility to antimycotic drugs of isolated strains were evaluated based on bacteriological analysis of nasopharyngeal swabs (561 samples) and sputum (744 samples) collected from 1305 patients with pneumonia that were hospitalized in medical institutions of the Khabarovsk krai (May 2020 - June 2022). A total number of 740 isolates of 10 different fungi species were isolated in 688 out of 1305 patients (in 52.7% of cases). Detection levels of fungi species were as follows: 41.4 – 31.0 – 24.0% for C. albicans, 7.2 – 6.4 – 3.6% for C. glabrata, and 4.8 – 5% for C. krusei. .1 – 8.6%, C. tropicalis – 0.6 – 0.9 – 4.1%, C. famata – 2.0 – 1.5 – 0%, C. dubliniensis – 0.6 – 0.2 –1.4% in years 2020-2021-2022 respectively. Other types of fungi (C. lusitaniae, C. parapsilosis, C. kefyr, C. spherica) were detected in 0.2 – 1.1 – 1.4% of cases in years 2020-2021-2022 respectively. Evaluation of sensitivity to amphotericin B, voriconazole, flucytosine, fluconazole was carried out in 146 isolates of fungi of Candida spp. Strains of C. albicans, C. tropicalis during all periods of observation were mostly sensitive to antimycotics (90 – 100%). Isolates of C. glabrata, C. krusei were characterized by resistance to all drugs in 7.1 – 71.4% of cases. C. famata drug-resistant strains were revealed in 7.7 – 15.4% of cases. No drug resistant strains were detected among C. lusitaniae, C. spherica, C. dubliniensis, C. kefyr, C. parapsilosis.

1. Акимкин В.Г., Тутельян А.В., Шулакова Н.И. Микологический айсберг: современные сдвиги в эпидемиологии микозов // Инфекционные болезни. - 2022. – Т. 20, № 1. – С. 120-126.

2. Анисимова А.С., Аронова Н.В., Полеева М.В. Идентификация дрожжей рода Candida и других дрожжеподобных грибов с помощью масс-спектрометрического анализа (MALDI-TOF MS) // Бактериология. – 2021. – Т. 6, №3. – С. 16-17.

3. Аронова Н.В., Павлович Н.В., Цимбалистова М.В. и др. Видовое разнообразие и маркеры резистентности дрожжей рода Candida у коронапозитивных и коронанегативных больных с внебольничными пневмониями // Антибиотики и химиотерапия. – 2021. – №7-8. – С. 38-44.

4. Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Троценко О.Е. и др. Характеристика бактериальной микрофлоры, выделенной из проб мокроты больных пневмонией в Хабаровске и Хабаровском крае в начальный период пандемии COVID-19 (май–июнь 2020 г.) // Проблемы особо опасных инфекций. – 2020. - №3. – С. 43-49.

5. Волосач О. В. Лечение кандидоза: возможности и перспективы (обзор литературы) // Журнал Гродненского государственного медицинского университета. – 2017. – Т. 2, №46. – С. 19-23.

6. Клясова Г.А. Микотические инфекции: клиника, диагностика, лечение // Инфекции и антимикробная терапия. – 2000. - Т. 2., №6. - С. 184–189.

7. Козырев Е.А., Бабаченко И.В., Сидоренко С.В. Современные аспекты изучения респираторной микробиоты и ее роль в развитии инфекций нижних дыхательных путей // Инфекционные болезни. – 2022. – Т. 20, №1. – С. 99-106.

8. Криворутченко Ю.Л., Кирсанова М.А., Андроновская И.Б., Постникова О.Н. Комбинированное антикандидозное действие амфотерицина B и мирамистина // Бактериология. – 2021, . – Т. 6, №3. – С. 43.

9. Лабораторная диагностика внебольничных пневмоний: Методические указания МУК 4.2.3115-13. М.: 2013.

10. Лисовская С.А., Валиева Р.И. Современные подходы к анализу этиологического значения грибов-микромицетов в инфекционной патологии человека // Бактериология. – 2021. – Т. 6, № 3. – С. 49-50.

11. Лисовская С.А., Исаева Г.Ш., Николаева И.В. и др. Резистентность к антибиотикам грибов р. Candida spp., выделенных у реанимационных пациентов с COVID-19 // Бактериология. – 2021. – Т. 6, №3. – С. 50-51.

12. Носкова О. А., Савилов Е. Д., Чемезова Н. Н., Белькова Н. Л. Антибиотикорезистентность возбудителей генерализованных гнойно-септических инфекций у детей // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2020. – Т. 19, №6. – С. 56-61.

13. Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В. и др. Особенности этиологии внебольничных пневмоний, ассоциированных с COVID-19. // Проблемы особо опасных инфекций. – 2020. – №4. – С.99-105.

14. Delavy M., Dos Santos A.R., Heiman C.M., Coste A.T. Investigating antifungal susceptibility in Candida species with MALDI-TOF MS-Based Assays Fron Cell // Infect Microbiol. – 2019. - №9 (19). – Р. 1–8. doi: 10.3389/fcimb.2019.00019.

15. Kal Çakmaklıoğulları E., Aşgın N., Değerli K. A comparison of the costs, reliability and time of result periods of widely used methods, new molecular methods and MALDI TOF-MS in the routine diagnosis of Candida strains // Mikrobiyol Bul. – 2019. - № 53 (2). – Р. 204–212. doi: 10.5578/mb.67952.