Genetic diversity of hepatitis C virus among the population of the Amur Region

Evaluation of hepatitis C virus (HCV) genetic diversity is of great practical importance while conducting molecular epidemiologic studies, specific preventive measures and determining therapy tactics. Serological and molecular-genetic analysis of 70 serum/plasma samples obtained from patients diagnosed with chronic hepatitis C residing in the Amur Region was carried out. HCV RNA was detected in 48 (68,6±5,5%) plasma samples. HCV genotyping that was carried out utilizing AmpliSens-1/2/3 kit (Interlab-service), showed that 1 genotype of the virus slightly prevailed – in 50,0±7,2% of the samples (n=24). HCV genotype 3 was found in 21 patients (43,8±7,2%). Genotype 2 was identified in 3 cases (6,2±3,5%). Phylogenetic analysis of the nucleotide sequences of the NS5b region of the HCV genome that was carried out for 40 HCV-positive RNA samples, showed following ratio of subtypes: 1b - 22 (55,0±7,9%), 3a - 15 (37,5±7,7%), 2a - 1 (2,5±2,5%), 2k - 1 (2,5±2,5%), 2k/1b - 1 (2,5±2,5%).

1. Гасич Е.Л., Еремин В.Ф. Рекомбинантная форма 2k/1b ВГС, выявленная в Беларуси: происхождение, распространение и пути передачи // Лабораторная диагностика. Восточная Европа. - 2017. - Т.6, № 1. - С.9-14.

2. Дементьева Н.Е., Калинина О.В., Знойко О.О., Беляков Н.А., Жебрун А.Б. Циркулирующая рекомбинантная форма вируса гепатита С RF2k/1b: проблемы диагностики и терапии // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. - 2016. - Т.8, №1. - С.42-52.

3. Кравченко А.В., Куимова У.А., Ганкина Н.Ю., Канестри В.Г., Чуланов В.П. Предикторы устойчивого вирусологического ответа при терапии хронического гепатита пегилированным интерфероном и рибавирином у больных ВИЧ-инфекцией // Инфекционные болезни. - 2014. - Т. 12, № 2. - С. 30–34.

4. Кюрегян К.К., Михайлов М.И. Молекулярно-биологические основы контроля вирусных гепатитов. – М.: «Икар», 2013. - 336 с.

5. Львов, Д. К., Самохвалов Е.И., Миширо С., Тсуда Ф., Селиванов Н.А., Окамото Х., Стаханова В.М. Закономерности распространения вируса гепатита С и его генотипов в России и странах СНГ // Вопросы вирусологии. - 1997. - № 4. - С. 157-161.

6. Материалы для Государственного доклада «О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения Амурской области в 2020 году».

7. Мукомолов С.Л., Левакова Л.Г., Сулягина Е.В., Синайская Е.В., Болсун Д.Д., Иванова Н.В. Современная эпидемиология гепатита С в России // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. - 2012. - № 6. - C. 21–25.

8. Семенов А.В., Останкова Ю.В., Герасимова В.В., Бичурина М.А., Козлов А.В., Мукомолов С.Л., Тотолян А.А. Молекулярно-эпидемиологические особенности изолятов вируса гепатита С из разных регионов Республики Саха (Якутия) // Инфекция и иммунитет. – 2015. -Т.5, №4. - С.359-372.

9. Соболева Н.В., Карлсен А.А., Кожанова Т.В., Кичатова В.С., Клушкина В.В., Исаева О.В., Игнатьева М.Е., Романенко В.В., Ооржак Н.Д., Малинникова Е.Ю., Кюрегян К.К., Михайлов М.И. Распространенность вируса гепатита С среди условно здорового населения Российской Федерации // Журнал инфектологии. - 2017. - Т.9, №2. - С.56-64.

10. Чуб Е.В., Кочнева Г.В., Гранитов В.М. и др. Рекомбинанты вируса гепатита С типа 2k/1bу населения Алтайского края // Инфекционные болезни. - 2007. - Т.5, № 4. - С.5-11.

11. Borgia S. M., Hedskog C., Parhy B. et al. Identification of a novel hepatitis C virus genotype from Punjab, India: expanding classification of hepatitis C virus into 8 genotypes // J Infect Dis. – 2018. – Vol.11, № 288. – Р.1722-1729.

12. Bukh J. The history of hepatitis C virus (HCV): Basic research reveals unique features in phylogeny, evolution and the viral life cycle with new perspectives for epidemic control // J Hepatol. – 2016. – Vol.1, № 65. Р.2-21.

13. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 2022 URL: https://talk.ictvonline.org/ictv_wikis/flaviviridae/w/sg_flavi/56/hcv-classification. (Accessed: 13.04.2022).

14. Kalinina O., Norder H., Mukomolov S., Magnius L.O. A natural intergenotypic recombinant of hepatitis C virus identified in St. Petersburg // J. Virol. – 2002. –Vol.8, № 76. – Р.4034–4043.

15. Kalinina O., Norder H., Magnius L.O. Full-Length Open Reading Frame of a Recombinant hepatitis C Virus Strain from St. Petersburg: Proposed mechanism for its formation // J. Gen. Virol. – 2004. – Vol.7, №85. - Р.1853–1857.

16. Kuiken C., Simmonds P. Nomenclature and numbering of the hepatitis C virus // Methods mol biol. – 2009. - №510. - Р.33–53.

17. Messina J., Humphreys I., Flaxman A. et al. Global Distribution and Prevalence of Hepatitis C Virus Genotypes // Hepatology. – 2015. Vol.1, №61. - Р.77–87.

18. Rajhi M., Ghedira K., Chouikha A. et al. Phylogenetic Analysis and Epidemic History of Hepatitis C Virus Genotype 2 in Tunisia, North Africa // PLoS One. – 2016. - Vol4, № 11. - e0153761.

19. Simmonds P. Genetic diversity and evolution of hepatitis C virus-15 years on // J. Gen. Virol. – 2004. - №85.- Р.3173–3188.

20. Simmonds P., Bukh J., Combet C. et al. Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis C virus genotypes // Hepatology. – 2005. - Vol.4, № 42. - Р.962–973.

21. Tamura K., Stecher G., Peterson D. et al. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0 // Molecular Biology and Evolution. – 2013. - №30. - Р.2725-2729.

22. Thong VD, Akkarathamrongsin S., Poovorawan K. Hepatitis C virus genotype 6: Virology, epidemiology, genetic variation and clinical implication // World J Gastroenterol. – 2014. – Vol.11, № 20. - Р.2927-2940.

23. World Health Organization. Global hepatitis report, 2019 [Электронный ресурс]. – Geneva: World Health Organization, 2019. URL: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/hepatitis-c.