ПЦР IN SITU: ЗАБЫТЬ ТРУДНО ИСПОЛЬЗОВАТЬ – ГДЕ СТАВИТЬ ТРОЕТОЧИЕ?
https://doi.org/10.62963/2073-2899-2024-47-25-29
Аннотация
Полимеразная цепная реакция (ПЦР) in situ существенно отличается от классической ПЦР тем, что протекает не в растворе, а в тонком поверхностном срезе гистологического препарата, что позволяет не только специфически амплифицировать конкретную последовательность нуклеиновой кислоты (ДНК или – после обратной транскрипции – РНК), но и определить её локализацию внутри клетки. В работе приведены примеры эффективного использования ПЦР in situ. Представлены результаты анализа библиографических баз данных elibrary и PubMed, которые свидетельствуют о том, что этот метод редко используется в научных исследованиях, что явно не соответствует его потенциалу. Обсуждаются перспективные направления применения ПЦР in situ в решении наиболее актуальных для российского Дальнего Востока проблем.
Об авторах
С. А. Абрамова
Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова Роспотребнадзора
Россия
Россия
Абрамова Светлана Алексеевна – аспирантка, младший научный сотрудник лаборатории гистологии
Владивосток
Ю. А. Белов
Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова Роспотребнадзора;
Дальневосточный федеральный университет
Россия
Россия
Владивосток
П. Г. Милованкин
Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова Роспотребнадзора
Россия
Россия
Владивосток
Л. М. Сомова
Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова Роспотребнадзора
Россия
Россия
Владивосток
М. Ю. Щелканов
Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова Роспотребнадзора;
Дальневосточный федеральный университет
Россия
Россия
Владивосток
Список литературы
1. Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю. и др. Таксономия вируса Иссык-Куль (Issyk-Kul, ISKV; Bunyaviridae, Nairovirus), возбудителя иссык-кульской лихорадки, изолированного от летучих мышей (Vespertilionidae) и клещей Argas (Carios) vespertilionis (Latreille, 17796) // Вопросы вирусологии. – 2013. – Т.58, №5. – С.11-15.
2. Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю. и др. Генетическая характеристика вируса Узун-Агач (UZAV – Uzun-Agachvirus) (Bunyaviridae, Nairovirus), изолированного в Казахстане от остроухой ночницы Myotis blythiioxygnathusMonticelli, 1885 (Chiroptera:Vespertilionidae) // Вопросы вирусологии. – 2014. – Т.59, №5. – С.23-26.
3. Запорожец Т.С., Беседнова Н.Н., Калинин А.В. и др. 80 лет на страже биологической безопасности у восточных рубежей России // Здоровье населения и среда обитания. – 2021. – № 5. – С. 5-15.
4. Колобухина Л.В., Малышев Н.А., Меркулова Л.Н. и др. Изучение эффективности и безопасности нового противовирусного препарата Ингавирин при лечении больных гриппом // РМЖ. – 2008. – Т.16, №22. – С.1502-1506.
5. Колобухина Л.В., Меркулова Л.Н., Малышев Н.А. и др. Стратегия ранней противовирусной терапии при гриппе как профилактика тяжёлых осложнений // Пульмонология. Приложение. – 2010. - №1. – С. 9-14.
6. Колобухина Л.В., Меркулова Л.Н., Щелканов М.Ю. и др. Первый опыт применения препарата Ингавирин при лечении больных гриппом, вызванным новым пандемическим вирусом А / H1N1 swl // Consiliummedicum. – 2009.- Т.11, №11. – С.83-86.
7. Львов Д.К., Альховский С.В., Щелканов М.Ю. и др. Таксономия вируса Сокулук (SOKV – Sokulukvirus) (Flaviviridae, Flavivirus, антигенный комплекс летучих мышей Энтеббе), изолированного в Киргизии от летучих мышей нетопырей-карликов (Vespertilio pipistrellusSchreber, 1774), аргасовых клещей (ArgasidaeKoch, 1844) и птиц // Вопросы вирусологии. – 2014. – Т. 59, №1. – С. 30-34.
8. Львов Д.К., Дерябин П.Г., Аристова В.А. и др. Атлас распространения возбудителей природноочаговых вирусных инфекций на территории Российской Федерации. М.: Изд-во НПЦ ТМГ МЗ РФ, 2001. - 192 с.
9. Никифоров В.В., Колобухина Л.В., Сметанина С.В. и др. Новая коронавирусная инфекция (COVID-19): этиология, эпидемиология, клиника, диагностика, лечение и профилактика. Методическое пособие. – М.: Департамент здравоохранения города Москвы, 2020. - 71 с.
10. Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В. и др. Генотипический портрет SARS-CoV2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. – 2024. – Т.101, №1. – С. 19-35.
11. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных / Ред.: академик Д.К. Львов. М.: МИА, 2013. - 1200 с.
12. Усачёв Е.В., Щелканов М.Ю., Федякина И.Т. и др. Молекулярно-вирусологический мониторинг вируса болезни Ньюкасла (Paramyxoviridae, Avulavirus) в популяциях диких птиц дельты Волги (данные 2001 г.) // Вопросы вирусологии. – 2006. – Т.51, №5. – С. 32-38.
13. Шестопалов А.М., Кононова Ю.В., Гаджиев А.А. и др. Биоразнообразие и эпидемический потенциал коронавирусов (Nidovirales:Coronaviridae) рукокрылых // Юг России: экология, развитие. – 2020. – Т.15, №2. – С. 17-34.
14. Щелканов М.Ю. Этиология COVID-19 / В кн.: COVID-19: от этиологии до вакцинопрофилактики. Руководство для врачей. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2023. – С. 11-53.
15. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? // Тихоокеанский медицинский журнал. – 2015. - №2. – С. 94-98.
16. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май-июль 2015 г.): причины, динамика, выводы // Тихоокеанский медицинский журнал. – 2015. - №3. – С. 89-93.
17. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Львов Д.Н. и др. Комплексный экологовирусологический мониторинг на территории Приморского края 2003-2006 гг. // Вопросы вирусологии. – 2007. – Т.52, №5. – С. 37-48.
18. Щелканов М.Ю., Аристова В.А., Чумаков В.М., Львов Д.К. Историография термина «природный очаг» // В сб.: Новые и возвращающиеся инфекции в системе биобезопасности Российской Федерации. Учебно-методическое пособие. М.: Изд-во Первого МГМУ им. И.М. Сеченова, 2014. – С. 21-32.
19. Щелканов М.Ю., Волков Ю.Г., Какарека Н.Н. и др. Организации Российской государственной коллекции вирусов Восточной Азии на базе ДВО РАН // В сб.: Материалы научных чтений «Приморские Зори-2017». Владивосток, 2017. – С. 466-470.
20. Щелканов М.Ю., Галкина И.В., Ананьев В.Ю. и др. Экологическая обстановка на о. Тюлений в акватории Охотского моря (2015 г.): популяционные взаимодействия между ластоногими, птицами, иксодовыми клещами и вирусами // Юг России: экология, развитие. – 2017. – Т.12, №1. – С. 30-43.
21. Щелканов М.Ю., Девяткин А.А., Ананьев В.Ю. и др. Изоляция и секвенирование полноразмерного генома штамма вируса бешенства, выделенного от бурого медведя (Ursus arctos), напавшего на человека в Приморском крае (ноябрь 2014 г.) // Вопросы вирусологии. – 2016. – Т.61, №4. – С.180-186.
22. Щелканов М.Ю., Дедков В.Г., Галкина И.В. и др. Районирование африканской природноочаговой провинции в отношении филовирусных лихорадок // Вестник РАМН. – 2017. – Т.72, №5. – С. 325-335.
23. Щелканов М.Ю., Дунаева М.Н., Москвина Т.В. и др. Каталог вирусов рукокрылых (2020) // Юг России: экология, развитие. – 2020. – Т.15, №3. –С. 6-30.
24. Щелканов М.Ю., Еремин В.Ф., Сахурия И.Б. и др. Дегидрогеназная активность инфицированных клеток и биологические свойства различных вариантов ВИЧ-1 // Биохимия. – 1999. – Т. 64, № 4. – С. 513-519.
25. Щелканов М.Ю., Какарека Н.Н., Волков Ю.Г., Толкач В.Ф. Становление фитовирусологии на Дальнем Востоке в контексте развития отечественной вирусологии. Владивосток: изд-во ДВФУ, 2022. - 142 с.
26. Щелканов М.Ю., Катин И.О., Бурухина Е.Г. и др. Колючие вши (Echinophthiriidae) как переносчики инвазивных и инфекционных заболеваний ластоногих // Юг России: экология, развитие. - 2017. – Т.12, №3. – С. 20-32.
27. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Бургасова О.А. и др. COVID-19: этиология, клиника, лечение // Инфекция и иммунитет. – 2020. – Т.10, №3. – С. 421-445.
28. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности // Лечащий врач. – 2013. - №10. – С. 49-54.
29. Щелканов М.Ю., Леонова Г.Н., Галкина И.В., Андрюков Б.Г. У истоков концепции природной очаговости // Здоровье населения и среда обитания. – 2021. - №5. – С.16-25.
30. Щелканов М.Ю., Львов Д.К. Новый субтип вируса гриппа А от летучих мышей и новые задачи эколого-вирусологического мониторинга // Вопросы вирусологии. – 2012. - S1. – С. 159-168.
31. Щелканов М.Ю., Магассуба Н.Ф., Дедков В.Г. и др. Природный резервуар филовирусов и типы связанных с ними эпидемических вспышек на территории Африки // Вестник РАМН. – 2017. – Т.72, №2. – С. 112-119.
32. Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Любченко Е.Н. и др. Рукокрылые: общая характеристика отряда. – Владивосток: изд-во ДВФУ, 2021. - 130 с.
33. Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Щелканов Е.М. и др. Паукообразные-эктопаразиты рукокрылых. - Владивосток: Изд-во ДВФУ, 2022. - 126 с.
34. Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Щелканов Е.М. и др. Насекомые-эктопаразиты рукокрылых. - Владивосток: Изд-во ДВФУ, 2022. - 242 с.
35. Щелканов М.Ю., Татонова Ю.В., Табакаева Т.В. и др. Эндопаразиты рукокрылых: нематоды. - Владивосток: Изд-во ДФВУ, 2023. - 112 с.
36. Щелканов М.Ю., Щелканов Е.М., Москвина Т.М. Antarctophthirus nevelskoyin. sp. (Anoplura:Echinophthiriidae) – новый вид-паразит северного морского котика (Callorhinus ursinusL., 1758) на о. Тюлений (Охотское море, Россия) // Юг России: экология, развитие. – 2021. – Т.16, №2. – С. 17-25.
37. Щелканов М.Ю., Щелканов Е.М., Уколов С.С. и др. Биоэхолокация: вопросы и задачи с ответами и решениями. - Владивосток: Изд-во ДВФУ, 2021. - 250 с.
38. Щелканов М.Ю., Magassuba Nf., Boiro M.E., Малеев В.В. Причины развития эпидемии лихорадки Эбола в Западной Африке // Лечащий врач. – 2014. - №11. – С. 30-36.
39. Щелканов М.Ю., Zoumanigui N., Boiro M.E., Малеев В.В. Пять мифов о лихорадке Эбола: где кончается вымысел? // РМЖ. – 2015. – Т.23, №2. – С.58-65.
40. Bagasra O., Addanki K.C., Goodwin G.R., et al. Cellular targets and receptor of sexual transmission of Zika virus // Appl. Immunohistochem. Mol. Morphol. – 2017. - V.25, N10. – P. 679-686.
41. Bartlett J.M., Stirling D. A short history of the polymerase chain reaction // PCR protocols. – 2003. - N 226. – P. 3-6.
42. Deviatkin A.A., Lukashev A.N., Poleshchuk E.M., et al. The phylodynamics of the rabies virus in Russian Federation // PLoS ONE. – 2017. – V.12, N2. – e0171855.
43. Haase A.T., Retzel E.F., Staskus K.A. Amplification and detection of lentiviral DNA inside cells // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 1990. – V.87, N13. – P. 4971-4975.
44. Hussein E.A., Hair-Bejo M., Liew P.S., et al. Infectious bursal disease virus tissue tropism and pathogenesis of the infection in chickens by application of in situ PCR, immunoperoxase and HE staining // Microb. Pathog. – 2019. - N 129. – P. 195-205.
45. Hussein E.A., Hair-Bejo M., Omar A.R., et al. Velogenic newcastle disease virus tissue tropism and pathogenesis of infection in chickens by application of in situ PCR, immunoperoxase staining and HE staining // Microb. Pathog. – 2019. - N 129. – P. 213-223.
46. Karamov E.V., Yaroslavtseva N.G., Shchelkanov M.Yu., et al. Antigenic and genetic relations between different HIV-1 subtypes in Russia // Immunology and Infection diseases. – 1996. - N 6. - P. 15-24.
47. Khotimchenko Yu.S., Shchelkanov M.Yu. Viruses of the Ocean: on the shoes of the Aqua incognita. Horizons of taxonomic diversity // Rus. J. Mar. Biol. – 2024. – V. 50, N 1. – P. 1-24.
48. Klyuchnikova E., Gladkikh A., Iunikhina O., et al. Near-complete genome sequence of Lyssavirus irkut isolated in the Sikhote-Alin natural focus (Russian Far East) // PLoS ONE. – 2024. – V. 19, N 10. - in press.
49. Lossi L., Gambino G., Salio C., Merighi A. Direct in situ rt-PCR // Methods Mol. Biol. – 2011. - N 789. – P. 111-126.
50. Lvov D.K., Shchelkanov M.Yu., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic viruses of Northern Eurasia: Taxonomy and Ecology. - Academic Press, 2015. - 452 p.
51. Olaya-Galan N.N., Salas-Cardenas S.P., Rodriguez-Sarmiento J.L., et al. Risk factor for breast cancer development under exposure to bovine leukemia virus in Colombian women: A casecontrol study // PLoS ONE. – 2021. – V. 16, N 9. - e0257492.
52. Safonova M.V., Shchelkanov M.Yu., Khafizov K.F., et al. Sequencing and genetic characterization of two strains Paramushir virus obtained from the Tyuleniy Island in the Okhotsk Sea (2015) // Ticks Tick-borne Dis. – 2019. – V. 10, N 2. – P. 269-279.
53. Shchelkanov M.Yu., Yudin A.N., Antonov A.V., et al. Variability analysis of HIV-1 gp120 V3- region: II. Hierarchy of taxons // J. Biomol. Struct.Dyn. – 1997. – V. 15, N 2. – P. 231-241.
Рецензия
Для цитирования:
Абрамова С.А., Белов Ю.А., Милованкин П.Г., Сомова Л.М., Щелканов М.Ю. ПЦР IN SITU: ЗАБЫТЬ ТРУДНО ИСПОЛЬЗОВАТЬ – ГДЕ СТАВИТЬ ТРОЕТОЧИЕ? Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2024;(47):25-29. https://doi.org/10.62963/2073-2899-2024-47-25-29
For citation:
Abramova S.A., Belov Yu.A., Milovankin P.G., Somova L.M., Shchelkanov M.Yu. PCR IN SITU: TO FORGET IT’S HARD TO USE – WHERE IS ELLIPSIS NEEDED? Far Eastern Journal of Infectious Pathology. 2024;(47):25-29. (In Russ.) https://doi.org/10.62963/2073-2899-2024-47-25-29
Просмотров:
12
Послать статью по эл. почте 