Preview

Far Eastern Journal of Infectious Pathology

Advanced search

PCR IN SITU: TO FORGET IT’S HARD TO USE – WHERE IS ELLIPSIS NEEDED?

https://doi.org/10.62963/2073-2899-2024-47-25-29

Abstract

Polymerase chain reaction (PCR) in situ differs significantly from classical PCR in that it occurs not in solution, but in a thin surface section of a histological preparation, which allows not only to specifically amplify a specific sequence of nucleic acid (DNA – or after reverse transcription – RNA), but also to determine its localization inside the cell. The paper provides examples of the effective use of PCR in situ. The results of the analysis of the bibliographic databases elibrary and PubMed are presented, which indicate that this method is rarely used in scientific research, which clearly does not correspond to its potential. Promising areas of in situ PCR application in solving the most pressing problems for the Russian Far East are discussed.

About the Authors

S. A. Abramova
G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology, Russian Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing
Russian Federation

Vladivostok



Yu. A. Belov
G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology, Russian Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing; Far Eastern Federal University
Russian Federation

Vladivostok



P. G. Milovankin
G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology, Russian Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing
Russian Federation

Vladivostok



L. M. Somova
G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology, Russian Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing
Russian Federation

Vladivostok



M. Yu. Shchelkanov
G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology, Russian Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing; Far Eastern Federal University
Russian Federation

Vladivostok



References

1. Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю. и др. Таксономия вируса Иссык-Куль (Issyk-Kul, ISKV; Bunyaviridae, Nairovirus), возбудителя иссык-кульской лихорадки, изолированного от летучих мышей (Vespertilionidae) и клещей Argas (Carios) vespertilionis (Latreille, 17796) // Вопросы вирусологии. – 2013. – Т.58, №5. – С.11-15.

2. Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю. и др. Генетическая характеристика вируса Узун-Агач (UZAV – Uzun-Agachvirus) (Bunyaviridae, Nairovirus), изолированного в Казахстане от остроухой ночницы Myotis blythiioxygnathusMonticelli, 1885 (Chiroptera:Vespertilionidae) // Вопросы вирусологии. – 2014. – Т.59, №5. – С.23-26.

3. Запорожец Т.С., Беседнова Н.Н., Калинин А.В. и др. 80 лет на страже биологической безопасности у восточных рубежей России // Здоровье населения и среда обитания. – 2021. – № 5. – С. 5-15.

4. Колобухина Л.В., Малышев Н.А., Меркулова Л.Н. и др. Изучение эффективности и безопасности нового противовирусного препарата Ингавирин при лечении больных гриппом // РМЖ. – 2008. – Т.16, №22. – С.1502-1506.

5. Колобухина Л.В., Меркулова Л.Н., Малышев Н.А. и др. Стратегия ранней противовирусной терапии при гриппе как профилактика тяжёлых осложнений // Пульмонология. Приложение. – 2010. - №1. – С. 9-14.

6. Колобухина Л.В., Меркулова Л.Н., Щелканов М.Ю. и др. Первый опыт применения препарата Ингавирин при лечении больных гриппом, вызванным новым пандемическим вирусом А / H1N1 swl // Consiliummedicum. – 2009.- Т.11, №11. – С.83-86.

7. Львов Д.К., Альховский С.В., Щелканов М.Ю. и др. Таксономия вируса Сокулук (SOKV – Sokulukvirus) (Flaviviridae, Flavivirus, антигенный комплекс летучих мышей Энтеббе), изолированного в Киргизии от летучих мышей нетопырей-карликов (Vespertilio pipistrellusSchreber, 1774), аргасовых клещей (ArgasidaeKoch, 1844) и птиц // Вопросы вирусологии. – 2014. – Т. 59, №1. – С. 30-34.

8. Львов Д.К., Дерябин П.Г., Аристова В.А. и др. Атлас распространения возбудителей природноочаговых вирусных инфекций на территории Российской Федерации. М.: Изд-во НПЦ ТМГ МЗ РФ, 2001. - 192 с.

9. Никифоров В.В., Колобухина Л.В., Сметанина С.В. и др. Новая коронавирусная инфекция (COVID-19): этиология, эпидемиология, клиника, диагностика, лечение и профилактика. Методическое пособие. – М.: Департамент здравоохранения города Москвы, 2020. - 71 с.

10. Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В. и др. Генотипический портрет SARS-CoV2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. – 2024. – Т.101, №1. – С. 19-35.

11. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных / Ред.: академик Д.К. Львов. М.: МИА, 2013. - 1200 с.

12. Усачёв Е.В., Щелканов М.Ю., Федякина И.Т. и др. Молекулярно-вирусологический мониторинг вируса болезни Ньюкасла (Paramyxoviridae, Avulavirus) в популяциях диких птиц дельты Волги (данные 2001 г.) // Вопросы вирусологии. – 2006. – Т.51, №5. – С. 32-38.

13. Шестопалов А.М., Кононова Ю.В., Гаджиев А.А. и др. Биоразнообразие и эпидемический потенциал коронавирусов (Nidovirales:Coronaviridae) рукокрылых // Юг России: экология, развитие. – 2020. – Т.15, №2. – С. 17-34.

14. Щелканов М.Ю. Этиология COVID-19 / В кн.: COVID-19: от этиологии до вакцинопрофилактики. Руководство для врачей. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2023. – С. 11-53.

15. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? // Тихоокеанский медицинский журнал. – 2015. - №2. – С. 94-98.

16. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май-июль 2015 г.): причины, динамика, выводы // Тихоокеанский медицинский журнал. – 2015. - №3. – С. 89-93.

17. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Львов Д.Н. и др. Комплексный экологовирусологический мониторинг на территории Приморского края 2003-2006 гг. // Вопросы вирусологии. – 2007. – Т.52, №5. – С. 37-48.

18. Щелканов М.Ю., Аристова В.А., Чумаков В.М., Львов Д.К. Историография термина «природный очаг» // В сб.: Новые и возвращающиеся инфекции в системе биобезопасности Российской Федерации. Учебно-методическое пособие. М.: Изд-во Первого МГМУ им. И.М. Сеченова, 2014. – С. 21-32.

19. Щелканов М.Ю., Волков Ю.Г., Какарека Н.Н. и др. Организации Российской государственной коллекции вирусов Восточной Азии на базе ДВО РАН // В сб.: Материалы научных чтений «Приморские Зори-2017». Владивосток, 2017. – С. 466-470.

20. Щелканов М.Ю., Галкина И.В., Ананьев В.Ю. и др. Экологическая обстановка на о. Тюлений в акватории Охотского моря (2015 г.): популяционные взаимодействия между ластоногими, птицами, иксодовыми клещами и вирусами // Юг России: экология, развитие. – 2017. – Т.12, №1. – С. 30-43.

21. Щелканов М.Ю., Девяткин А.А., Ананьев В.Ю. и др. Изоляция и секвенирование полноразмерного генома штамма вируса бешенства, выделенного от бурого медведя (Ursus arctos), напавшего на человека в Приморском крае (ноябрь 2014 г.) // Вопросы вирусологии. – 2016. – Т.61, №4. – С.180-186.

22. Щелканов М.Ю., Дедков В.Г., Галкина И.В. и др. Районирование африканской природноочаговой провинции в отношении филовирусных лихорадок // Вестник РАМН. – 2017. – Т.72, №5. – С. 325-335.

23. Щелканов М.Ю., Дунаева М.Н., Москвина Т.В. и др. Каталог вирусов рукокрылых (2020) // Юг России: экология, развитие. – 2020. – Т.15, №3. –С. 6-30.

24. Щелканов М.Ю., Еремин В.Ф., Сахурия И.Б. и др. Дегидрогеназная активность инфицированных клеток и биологические свойства различных вариантов ВИЧ-1 // Биохимия. – 1999. – Т. 64, № 4. – С. 513-519.

25. Щелканов М.Ю., Какарека Н.Н., Волков Ю.Г., Толкач В.Ф. Становление фитовирусологии на Дальнем Востоке в контексте развития отечественной вирусологии. Владивосток: изд-во ДВФУ, 2022. - 142 с.

26. Щелканов М.Ю., Катин И.О., Бурухина Е.Г. и др. Колючие вши (Echinophthiriidae) как переносчики инвазивных и инфекционных заболеваний ластоногих // Юг России: экология, развитие. - 2017. – Т.12, №3. – С. 20-32.

27. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Бургасова О.А. и др. COVID-19: этиология, клиника, лечение // Инфекция и иммунитет. – 2020. – Т.10, №3. – С. 421-445.

28. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности // Лечащий врач. – 2013. - №10. – С. 49-54.

29. Щелканов М.Ю., Леонова Г.Н., Галкина И.В., Андрюков Б.Г. У истоков концепции природной очаговости // Здоровье населения и среда обитания. – 2021. - №5. – С.16-25.

30. Щелканов М.Ю., Львов Д.К. Новый субтип вируса гриппа А от летучих мышей и новые задачи эколого-вирусологического мониторинга // Вопросы вирусологии. – 2012. - S1. – С. 159-168.

31. Щелканов М.Ю., Магассуба Н.Ф., Дедков В.Г. и др. Природный резервуар филовирусов и типы связанных с ними эпидемических вспышек на территории Африки // Вестник РАМН. – 2017. – Т.72, №2. – С. 112-119.

32. Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Любченко Е.Н. и др. Рукокрылые: общая характеристика отряда. – Владивосток: изд-во ДВФУ, 2021. - 130 с.

33. Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Щелканов Е.М. и др. Паукообразные-эктопаразиты рукокрылых. - Владивосток: Изд-во ДВФУ, 2022. - 126 с.

34. Щелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Щелканов Е.М. и др. Насекомые-эктопаразиты рукокрылых. - Владивосток: Изд-во ДВФУ, 2022. - 242 с.

35. Щелканов М.Ю., Татонова Ю.В., Табакаева Т.В. и др. Эндопаразиты рукокрылых: нематоды. - Владивосток: Изд-во ДФВУ, 2023. - 112 с.

36. Щелканов М.Ю., Щелканов Е.М., Москвина Т.М. Antarctophthirus nevelskoyin. sp. (Anoplura:Echinophthiriidae) – новый вид-паразит северного морского котика (Callorhinus ursinusL., 1758) на о. Тюлений (Охотское море, Россия) // Юг России: экология, развитие. – 2021. – Т.16, №2. – С. 17-25.

37. Щелканов М.Ю., Щелканов Е.М., Уколов С.С. и др. Биоэхолокация: вопросы и задачи с ответами и решениями. - Владивосток: Изд-во ДВФУ, 2021. - 250 с.

38. Щелканов М.Ю., Magassuba Nf., Boiro M.E., Малеев В.В. Причины развития эпидемии лихорадки Эбола в Западной Африке // Лечащий врач. – 2014. - №11. – С. 30-36.

39. Щелканов М.Ю., Zoumanigui N., Boiro M.E., Малеев В.В. Пять мифов о лихорадке Эбола: где кончается вымысел? // РМЖ. – 2015. – Т.23, №2. – С.58-65.

40. Bagasra O., Addanki K.C., Goodwin G.R., et al. Cellular targets and receptor of sexual transmission of Zika virus // Appl. Immunohistochem. Mol. Morphol. – 2017. - V.25, N10. – P. 679-686.

41. Bartlett J.M., Stirling D. A short history of the polymerase chain reaction // PCR protocols. – 2003. - N 226. – P. 3-6.

42. Deviatkin A.A., Lukashev A.N., Poleshchuk E.M., et al. The phylodynamics of the rabies virus in Russian Federation // PLoS ONE. – 2017. – V.12, N2. – e0171855.

43. Haase A.T., Retzel E.F., Staskus K.A. Amplification and detection of lentiviral DNA inside cells // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 1990. – V.87, N13. – P. 4971-4975.

44. Hussein E.A., Hair-Bejo M., Liew P.S., et al. Infectious bursal disease virus tissue tropism and pathogenesis of the infection in chickens by application of in situ PCR, immunoperoxase and HE staining // Microb. Pathog. – 2019. - N 129. – P. 195-205.

45. Hussein E.A., Hair-Bejo M., Omar A.R., et al. Velogenic newcastle disease virus tissue tropism and pathogenesis of infection in chickens by application of in situ PCR, immunoperoxase staining and HE staining // Microb. Pathog. – 2019. - N 129. – P. 213-223.

46. Karamov E.V., Yaroslavtseva N.G., Shchelkanov M.Yu., et al. Antigenic and genetic relations between different HIV-1 subtypes in Russia // Immunology and Infection diseases. – 1996. - N 6. - P. 15-24.

47. Khotimchenko Yu.S., Shchelkanov M.Yu. Viruses of the Ocean: on the shoes of the Aqua incognita. Horizons of taxonomic diversity // Rus. J. Mar. Biol. – 2024. – V. 50, N 1. – P. 1-24.

48. Klyuchnikova E., Gladkikh A., Iunikhina O., et al. Near-complete genome sequence of Lyssavirus irkut isolated in the Sikhote-Alin natural focus (Russian Far East) // PLoS ONE. – 2024. – V. 19, N 10. - in press.

49. Lossi L., Gambino G., Salio C., Merighi A. Direct in situ rt-PCR // Methods Mol. Biol. – 2011. - N 789. – P. 111-126.

50. Lvov D.K., Shchelkanov M.Yu., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic viruses of Northern Eurasia: Taxonomy and Ecology. - Academic Press, 2015. - 452 p.

51. Olaya-Galan N.N., Salas-Cardenas S.P., Rodriguez-Sarmiento J.L., et al. Risk factor for breast cancer development under exposure to bovine leukemia virus in Colombian women: A casecontrol study // PLoS ONE. – 2021. – V. 16, N 9. - e0257492.

52. Safonova M.V., Shchelkanov M.Yu., Khafizov K.F., et al. Sequencing and genetic characterization of two strains Paramushir virus obtained from the Tyuleniy Island in the Okhotsk Sea (2015) // Ticks Tick-borne Dis. – 2019. – V. 10, N 2. – P. 269-279.

53. Shchelkanov M.Yu., Yudin A.N., Antonov A.V., et al. Variability analysis of HIV-1 gp120 V3- region: II. Hierarchy of taxons // J. Biomol. Struct.Dyn. – 1997. – V. 15, N 2. – P. 231-241.


Review

For citations:


Abramova S.A., Belov Yu.A., Milovankin P.G., Somova L.M., Shchelkanov M.Yu. PCR IN SITU: TO FORGET IT’S HARD TO USE – WHERE IS ELLIPSIS NEEDED? Far Eastern Journal of Infectious Pathology. 2024;(47):25-29. (In Russ.) https://doi.org/10.62963/2073-2899-2024-47-25-29

Views: 10


Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2073-2899 (Print)