Methods of genotyping and phylogenetic analysis of epidemiological investigations of enterovirus infection on the territory of the Far Eastern Federal District of the Russian Federation, that were exposed to flood in 2013
Abstract
Flood emergency on the territory of Khabarovsk region, Amur Region and Jewish Autonomous Region necessitated wider application of molecular-genetic methods of typing and evaluation of origin of enteroviruses. The most commonly detected enteroviruses in 2013, such as Coxsackie B-5, A-6, A-9, A-16 and ECHO-6 were subjected to phylogenetic analysis. The level of genetic similarity and possibility of epidemiological relationship were analyzed for Enterovirus 71. Performed studies indicate different origin of enteroviruses including importation of viruses, most likely from countries of Asia-Pacific Region.
About the Authors
E. Yu. Sapega
Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance
Россия
Россия
O. E. Trotsenko
Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance
Россия
Россия
O. P. Kurganova
Administration of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance of Amur Oblast
Россия
Россия
V. A. Ott
Administration of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance of Khabarovsk Region
Россия
Россия
N. V. Korshunova
Amur State Medical Academy
Россия
Россия
T. V. Korita
Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance
Россия
Россия
V. O. Kotova
Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance
Россия
Россия
V. A. Yanovich
Administration of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance of Jewish Autonomous Region
Россия
Россия
Yu. A. Garbuz
Khabarovsk Region Hygiene and Epidemiology Center
Россия
Россия
P. V. Kopilov
Jewish Autonomous Region Hygiene and Epidemiology Center
Россия
Россия
L. V. Butakova
Khabarovsk research institute of epidemiology and microbiology of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance
Россия
Россия
T. A. Zaitseva
Administration of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance of Khabarovsk Region
Россия
Россия
A. A. Perepelitsa
Управление Роспотребнадзора по Амурской области
Россия
Россия
T. N. Karavyanskaya
Administration of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance of Khabarovsk Region
Россия
Россия
E. N. Prisyazhnyuk
Khabarovsk Region Hygiene and Epidemiology Center
Россия
Россия
E. M. Golubeva
Administration of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance of Khabarovsk Region
Россия
Россия
V. I. Reznik
Khabarovsk Region Hygiene and Epidemiology Center
Россия
Россия
E. S. Mironenko
Управление Роспотребнадзора по Еврейской автономной области
Россия
Россия
L. A. Balahontseva
ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора
Россия
Россия
A. P. Bondarenko
ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора
Россия
Россия
A. N. Lukashev
Chumakov Institute of Poliomyelitis and Viral Encephalitides of RAMS
Россия
Россия
S. V. Balakhonov1O
Irkuts antiplague research institute of Siberia and Far East of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance
Россия
Россия
A. K. Noskov1O
Irkuts antiplague research institute of Siberia and Far East of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance
Россия
Россия
S. A. Kosilko1O
Irkuts antiplague research institute of Siberia and Far East of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance
Россия
Россия
N. A. Novikova
Blokhina Research Institute of Epidemiology and Microbiology, Nizhny Novgorod
Россия
Россия
L. N. Golitsina
Blokhina Research Institute of Epidemiology and Microbiology, Nizhny Novgorod
Россия
Россия
M. E. Ignat’Eva
Administration of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance of Republic of Sakha (Yakutia)
Россия
Россия
A. A. Rubtsova
Administration of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance of Magadan Oblast
Россия
Россия
B. B. Darizhapov
Administration of Federal service on customer's rights protection and human well-being surveillance of Sakhalin Oblast
Россия
Россия
G. G. Onishchenko
Russian Academy of Sciences
Россия
Россия
References
1. Сапега Е.Ю., Янович В.А., Троценко О.Е., Онищенко Г.Г., Корита Т.В., Никулина О.Н., Копылов П.В., Мироненко Е.С., Бутакова Л.В., Балахонов С.В., Носков А.К., Севостьянова А.Н., Новикова Н.А., Голицына Л.Н. Эпидемиологические особенности энтеровирусной инфекции в условиях паводка на территории Еврейской автономной области // Проблемы особо опасных инфекций. - 2014. - Выпуск 1. - С. 71-74.
2. Троценко О.Е., Т.Н.Каравянская, Отт В.А., Онищенко Г.Г., Резник В.И., Сапега Е.Ю., Корита Т.В., Гарбуз Ю.А., Зайцева Т.А., Присяжнюк Е.Н., Лукашев А.Н., Чистяк В.М., Голубева Е.М., Котова В.О., Лебедева Л.А., Балахонцева Л.А., Бутакова Л.В. Многолетний анализ проявлений эпидемического процесса энтеровирусной инфекции в Хабаровском крае и основные факторы, определяющие ухудшение эпидемиологической ситуации в условиях наводнения // Проблемы особо опасных инфекций. - 2014. - Выпуск 1. - С.75-78.
3. Троценко О.Е., Онищенко Г.Г., Курганова О.П., Сапега Е.Ю., Перепелица А.А., Корита Т.В., Котова В.О., Бутакова Л.В., Балахонов С.В., Косилко С.А. Ретроспективный анализ заболеваемости энтеровирусной инфекцией в Амурской области и особенности эпидемического процесса в период крупномасштабного наводнения // Проблемы особо опасных инфекций. - 2014. - Выпуск 1. - С. 79-82.
4. Троценко О.Е., Отт В.А., Онищенко Г.Г., Каравянская Т.Н., Гарбуз Ю.А., Сапега Е.Ю., Зайцева Т.А., Присяжнюк Е.Н., Резник В.И., Корита Т.В., Лебедева Л.А., Голубева Е.М., Котова В.О., Бутакова Л.В., Балахонцева Л.А., Атаманчук И.Л., Балахонов С.В., Носков А.К., Севостьянова А.В. Эпидемиологическая характеристика энтеровирусной инфекции в Хабаровском крае в условиях чрезвычайной гидрологической ситуации // Проблемы особо опасных инфекций. - 2014. - Выпуск 1. - С. 83-86.
5. Oberste M. S. Maher K, Kilpatrick DR, Pallansch MA. Molecular evolution of the human enteroviruses: correlation of serotype with VP1 sequence and application to Picornavirus classification // J. Virol. - 1999. - Vol. 73. - № 3. - P. 1941-1948.
6. Tamura K. Nei M. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees // Mol. Biol. Evol. - 1993. - Vol. 10. - P. 512-526.
7. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. // Molecular Biology and Evolution. - 2013. - Vol. 30. - Р. 2725-2729.
8. Puepa J., Chieochansin T., Linsuwanon P. et al. Hand, foot and mouth disease caused by coxsackievirus A6, Thailand, 2012 // J. Emerging Infect. Disease. - 2013. - Vol. 19 (7). - P. 641-643.
Review
For citations:
Sapega E.Yu., Trotsenko O.E., Kurganova O.P., Ott V.A., Korshunova N.V., Korita T.V., Kotova V.O., Yanovich V.A., Garbuz Yu.A., Kopilov P.V., Butakova L.V., Zaitseva T.A., Perepelitsa A.A., Karavyanskaya T.N., Prisyazhnyuk E.N., Golubeva E.M., Reznik V.I., Mironenko E.S., Balahontseva L.A., Bondarenko A.P., Lukashev A.N., Balakhonov1O S.V., Noskov1O A.K., Kosilko1O S.A., Novikova N.A., Golitsina L.N., Ignat’Eva M.E., Rubtsova A.A., Darizhapov B.B., Onishchenko G.G. Methods of genotyping and phylogenetic analysis of epidemiological investigations of enterovirus infection on the territory of the Far Eastern Federal District of the Russian Federation, that were exposed to flood in 2013. Far Eastern Journal of Infectious Pathology. 2014;(25):119-127. (In Russ.)
Views:
184
JATS XML
Email this article 