ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ПАКЕТА MALDIquant ДЛЯ ПРОГРАММНОЙ СРЕДЫ R В МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКОМ АНАЛИЗЕ АНТИБИОТИКОРЕЗИСТЕНТНЫХ S. AUREUS И P. AERUGINOSA

С целью изучения возможности выявления отличий в масс-спектрах чувствительных и устойчивых к антибиотикам штаммов бактерий с помощью программной среды R и пакета MALDIquant проанализировано 8 штаммов P. aeruginosa и 9 штаммов S. aureus. Для каждого вида было отобрано по одному чувствительному и одному резистентному к антибиотикам штамму. Устойчивость изучалась по отношению к азитромицину, меропенему, ципрофлоксацину, амикацину, цефиксиму и цефотаксиму. Масс-спектры бактерий строились с помощью MALDI-TOF масс-спектрометра microflex (Bruker, Германия). Для предварительной обработки масс-спектров, использовался пакет программной среды R — MALDIquant. Для каждой бактерии было отобрано по 5 областей спектра вероятно ответственных за резистентность к антибиотикам. Установлено, что наличие пиков в областях m⁠ /⁠ z = 5383, 6977, 4882, 3005, 6621 спектров P. aeruginosa и m⁠ /⁠ z = 3876, 6556, 12542 спектров S. aureus может свидетельствовать об их антибиотикорезистентности.

1. Новик Е.С., Резник В.И., Т.Н. Каравянская и др. Значимость водного фактора в возникновении вспышек энтеровирусной инфекции на территории Хабаровского края и Приморья // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. – 2009. – № 14. – С. 6-13.

2. Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В., Троценко О.Е. и др. Особенности эпидемического процесса энтеровирусной инфекции в Сахалинской области на современном этапе// Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2019. –№5 (18). – С. 33-41.

3. Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В., Троценко О.Е. и др. Молекулярно-эпидемиологический анализ энтеровирусов, циркулирующих на территории Дальневосточного и Сибирского федеральных округов Российской Федерации, в том числе участвующих в возникновении очагов групповой заболеваемости // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. – 2018. – № 35. – С. 6-14.

4. Петрухина М.И., Старостина Н.В. Статистические методы в эпидемиологическом анализе. – М., 2006. – 99 с.