infectpataogДальневосточный журнал инфекционной патологииFar Eastern Journal of Infectious Pathology2073-2899ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзораinfectpataog-414Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL INVESTIGATIONSОСОБЕННОСТИ ЦИРКУЛЯЦИИ ЭНТЕРОВИРУСОВ В СЕЗОН ПОДЪЕМА ЗАБОЛЕВАЕМОСТИ НАСЕЛЕНИЯ ЭНТЕРОВИРУСНОЙ ИНФЕКЦИЕЙ В ДАЛЬНЕВОСТОЧНОМ И СИБИРСКОМ ФЕДЕРАЛЬНЫХ ОКРУГАХ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ В 2019 ГОДУPECULIARITIES OF ENTEROVIRUS CIRCULATION DURING THE SEASON OF ENTEROVIRUS INFECTION INCIDENCE RAISE IN THE FAR EASTERN AND SIBERIAN FEDERAL DISTRICTS OF THE RUSSIAN FEDERATION IN THE YEAR 2019СапегаЕ. Ю.SapegaE. Yu.

Сапега Елена Юрьевна – кандидат медицинских наук, руководитель Дальневосточного регионального научно-методического центра по изучению энтеровирусных инфекций

Хабаровск

Khabarovsk 

adm@hniiem.ruБутаковаЛ. В.ButakovaL. V.

Хабаровск

Khabarovsk 

ТроценкоО. Е.TrotsenkoO. E.

Хабаровск

Khabarovsk 

КотоваВ. О.KotovaV. O.

Хабаровск

Khabarovsk 

БалахонцеваЛ. А.BalakhontsevaL. A.

Хабаровск

Khabarovsk 

ЗайцеваТ. А.T.A. ZaitsevaT. A.

Хабаровск

Khabarovsk 

КургановаО. П.KurganovaO. P.

Благовещенск

Blagoveshchensk

ЕгороваМ. Е.EgorovaM. E.

Якутск

Yakutsk

ДетковскаяТ. Н.DetkovskayaT. N.

Владивосток

Vladivostok

ЖдановаН. И.ZdanovaN. I.

П-Камчатский

Kamchatsky

ФунтусоваО. А.FuntusovaO. A.

Южно-Сахалинск

Yuzhno-Sakhalinsk

КопыловП. В.KopilovP. V.

Биробиджан

Birobidzhan

КорсунскаяС. А.KorsunskayaS. A.

Магадан

Magadan

СеменихинА. В.SemenihinA. V.

Анадырь

Anadyr

ЛапаС. Э.LapaS. E.

Чита

Chita

СавиныхД. Ф.SavinikhD. F.

Иркутск

Irkutsk

ХанхареевС. С.KhankhareevS. S.

Улан-Удэ

Ulan-Ude

СалчакЛ. К.SalchakL. K,

Кызыл

Kyzyl

ГоряевД. В.GoryaevD. V.

Красноярск

Krasnoyarsk

РомановаТ. Г.RomanovaT. G.

Абакан

Abakan

ЩучиновЛ. В.ShuchinovL. V.

Горно-Алтайск

Gorno-Altaisk

ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии РоспотребнадзораРоссияFBIS Khabarovsk scientific research institute of epidemiology and microbiology of Rospotrebnadzor (Federal service for surveillance on consumers rights protection and human wellbeing)Russian FederationУправление Роспотребнадзора по Хабаровскому краюРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Khabarovsk kraiRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Амурской областиРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Amur oblastRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Республике СахаРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Republic SakhaRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Приморскому краюРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Primorsky regionRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Камчатскому краюРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Kamchatka kraiRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Сахалинской областиРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Sakhalin oblast, Yuzhno-SakhalinskRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Еврейской автономной областиРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Jewish Autonomous regionRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Магаданской областиРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Magadan oblastRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Чукотскому автономному округуРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Chukotka autonomous regionRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Забайкальскому краюРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Zabailalsky kraiRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Иркутской областиРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Irkutsk oblastRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Республике БурятияРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Republic BuryatiaRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Республике ТываРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Tyva RepublicRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Красноярскому краюРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Krasnoyarsk kraiRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Республике ХакасияРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Republic KhakassiaRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Республике АлтайРоссияRegional Rospotrebnadzor office in the Altai RepublicRussian Federation2020010620250383643Copyright © Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В., Троценко О.Е., Котова В.О., Балахонцева Л.А., Зайцева Т.А., Курганова О.П., Егорова М.Е., Детковская Т.Н., Жданова Н.И., Фунтусова О.А., Копылов П.В., Корсунская С.А., Семенихин А.В., Лапа С.Э., Савиных Д.Ф., Ханхареев С.С., Салчак Л.К., Горяев Д.В., Романова Т.Г., Щучинов Л.В., 20252025Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В., Троценко О.Е., Котова В.О., Балахонцева Л.А., Зайцева Т.А., Курганова О.П., Егорова М.Е., Детковская Т.Н., Жданова Н.И., Фунтусова О.А., Копылов П.В., Корсунская С.А., Семенихин А.В., Лапа С.Э., Савиных Д.Ф., Ханхареев С.С., Салчак Л.К., Горяев Д.В., Романова Т.Г., Щучинов Л.В.Sapega E.Y., Butakova L.V., Trotsenko O.E., Kotova V.O., Balakhontseva L.A., T.A. Zaitseva T.A., Kurganova O.P., Egorova M.E., Detkovskaya T.N., Zdanova N.I., Funtusova O.A., Kopilov P.V., Korsunskaya S.A., Semenihin A.V., Lapa S.E., Savinikh D.F., Khankhareev S.S., Salchak L.K., Goryaev D.V., Romanova T.G., Shuchinov L.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://infectpataog.elpub.ru/jour/article/view/414

Цель исследования – выявить молекулярно-генетические и эпидемиологические особенности циркуляции различных энтеровирусов на территориях Дальневосточного и Сибирского федеральных округов (ДФО и СФО) Российской Федерации.

Материалы и методы

Материалы и методы. Биологический материал от лиц с подозрением на энтеровирусную инфекцию (ЭВИ) и из объектов окружающей среды исследовали методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) для обнаружения РНК энтеровирусов. Для получения нуклеотидных последовательностей энтеровирусов и определения их типа использовали секвенирование по Сэнгеру с последующим филогенетическим анализом.

Результаты исследования

Результаты исследования. В целом, по данным молекулярно-генетических исследований, проведенных в ДФО и СФО, установлено, что сезонный подъем заболеваемости ЭВИ в 2019 г. был обусловлен разными типами энтеровирусов, из них вирус Коксаки А-6 преобладал в Хабаровском, Приморском и Красноярском краях, Еврейской автономной и Иркутской областях, республиках Алтай и Саха (Якутия); вирус Коксаки А-16 лидировал в Магаданской и Амурской областях, Республике Хакасия, ЕСНО-6 – в Республике Тыва. С помощью углубленного филогенетического анализа показано, что распространение одной из генетических линий энтеровируса ЕСНО-6 по территориям РФ, в том числе её завоз в Хабаровский край и Республику Тыва, произошли не ранее 2018 г.

Заключение

Заключение. Результаты проведенного исследования подтвердили важность такого компонента эпидемиологического надзора за ЭВИ, как молекулярно-генетический мониторинг циркуляции энтеровирусов, проводимый на высокотехнологичном уровне и позволяющий осуществлять генотипирование, выявлять возможные эпидемиологические связи случаев заболеваний, предполагать трансграничную импортацию энтеровирусов преимущественно из стран Азиатско-Тихоокеанского региона.

Objective of the research – to reveal molecular-genetic and epidemiological peculiarities of different enterovirus types circulation in territories of the Far Eastern and Siberian federal districts (FEFD and SFD).

Materials and methods

Materials and methods. Biological material obtained from people suspected to have enterovirus infection (EVI) and environmental samples were tested with method of polymerase chain reaction (PCR) in order to detect enterovirus RNA. In order to obtain enterovirus nucleotide samples and perform genotyping a Sanger sequencing technique with further phylogenetic analysis was utilized.

Results of the research

Results of the research. Data of the molecular-genetic research performed in the FEFD and SFD revealed that different enterovirus types caused the seasonal EVI incidence rate raise in 2019. Among revealed enteroviruses Coxsackie A-6 was prevalent in Khabarovsk, Primorsky and Krasnoyarsk regions, Jewish autonomous district and Irkutsk region, Altai Republic and Republic Sakha (Yakutia); Coxsackie A-16 virus was dominant in the Magadan and Amursk districts, Republic Khakasia; ECHO6 – in the Republic Tyva. In-depth phylogenetic analysis showed that the spread of one of the genetic lineages of ECHO-6 enterovirus in the territories of the Russian Federation including its importation in the Khabarovsk region and Republic Tyva took place not until 2018

Conclusion

Conclusion. The results of the conducted research confirmed importance of such component of epidemiological surveillance over EVI as molecular-genetic monitoring of enterovirus circulation carried out on an advanced level allowing to execute genotyping as well as reveal epidemiological connections between disease cases and suggest cross-border enterovirus importation more often from countries of the Asia-Pacific Region.

Энтеровирусыгенотипированиефилогенетический анализДальневосточный и Сибирский федеральные округаenterovirusgenotypingphylogenetic analysisFar Eastern and Siberian Federal districtsReferencesБутакова Л.В., Сапега Е.Ю., Троценко О.Е. и др. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика групповой заболеваемости энтеровирусной инфекцией, обусловленной вирусом Коксаки А6, среди населения Дальнего Востока Российской Федерации в 2016-2017 гг. // Тихоокеанский медицинский журнал. - 2018. - №3. – С.92-96.Бутакова Л.В., Сапега Е.Ю., Троценко О.Е. и др. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика групповой заболеваемости энтеровирусной инфекцией, обусловленной вирусом Коксаки А6, среди населения Дальнего Востока Российской Федерации в 2016-2017 гг. // Тихоокеанский медицинский журнал. - 2018. - №3. – С.92-96.Лукашев А.Н., Голицына Л.Н., Вакуленко Ю.А. и др. Современные возможности и направления развития молекулярно-эпидемиологического мониторинга в надзоре за энтеровирусными инфекциями. Опыт Российской Федерации // Инфекция и иммунитет. -2018. – Том 8, №4. – С. 452-464.Лукашев А.Н., Голицына Л.Н., Вакуленко Ю.А. и др. Современные возможности и направления развития молекулярно-эпидемиологического мониторинга в надзоре за энтеровирусными инфекциями. Опыт Российской Федерации // Инфекция и иммунитет. -2018. – Том 8, №4. – С. 452-464.Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В., Троценко О.Е. и др. Роль молекулярно-генетических методов исследования в выявлении потенциальных рисков завоза энтеровирусной инфекции на территорию Хабаровского края // Здоровье населения и среда обитания. – 2018. - №2 (299). - С. 44-51.Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В., Троценко О.Е. и др. Роль молекулярно-генетических методов исследования в выявлении потенциальных рисков завоза энтеровирусной инфекции на территорию Хабаровского края // Здоровье населения и среда обитания. – 2018. - №2 (299). - С. 44-51.Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В., Троценко О.Е., Фунтусова О.А., Ковтонюк Г.П. Особенности эпидемического процесса энтеровирусной инфекции в Сахалинской области на современном этапе // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. – 2019. – Том 19, №5. – С. 33-41.Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В., Троценко О.Е., Фунтусова О.А., Ковтонюк Г.П. Особенности эпидемического процесса энтеровирусной инфекции в Сахалинской области на современном этапе // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. – 2019. – Том 19, №5. – С. 33-41.Троценко О.Е., Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В. и др. Оценка риска возникновения вспышечной заболеваемости энтеровирусной инфекцией в Красноярском крае в период проведения XXIX Всемирной зимней универсиады // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. – 2019. - №2 (9). – С.6-17.Троценко О.Е., Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В. и др. Оценка риска возникновения вспышечной заболеваемости энтеровирусной инфекцией в Красноярском крае в период проведения XXIX Всемирной зимней универсиады // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. – 2019. - №2 (9). – С.6-17.Trotsenko O.E., Sapega E.Yu., Butakova L.V., Molochniy V.P., Chepel T.V. The role of moleculargenetic research in the system of epidemiological surveillance over enterovirus infection in the Russian Far East and Siberia // Russian Journal of Infection and Immunity. – 2018. – Vol. 8, №4. – P. 538.Trotsenko O.E., Sapega E.Yu., Butakova L.V., Molochniy V.P., Chepel T.V. The role of moleculargenetic research in the system of epidemiological surveillance over enterovirus infection in the Russian Far East and Siberia // Russian Journal of Infection and Immunity. – 2018. – Vol. 8, №4. – P. 538.Drummond A.J., Suchard M.A., Xie D. et al. Bayesian phylogenetics with BEAUTi and the BEAST 1.7. // Molecular Biology and Evolution. - 2012. - Vol. 29, N8. - P. 1969-1973.Drummond A.J., Suchard M.A., Xie D. et al. Bayesian phylogenetics with BEAUTi and the BEAST 1.7. // Molecular Biology and Evolution. - 2012. - Vol. 29, N8. - P. 1969-1973.Shapiro B., Rambaut A., Drummond A.J. Choosing appropriate substitution models for the phylogenetic analysis of protein-coding sequences // Molecular Biology and Evolution. - 2006. - Vol. 23, N1. - P. 7- 9.Shapiro B., Rambaut A., Drummond A.J. Choosing appropriate substitution models for the phylogenetic analysis of protein-coding sequences // Molecular Biology and Evolution. - 2006. - Vol. 23, N1. - P. 7- 9.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.